بررسي و تعيين اثرات متقابل مهم پليمورفيسم هاي تك نوكليوتيدي ژن‌هاي سايتوكاين‌هاي التهابي و ضد التهابي در ابتلا به بيماري لوپوس آريتماتوز سيستميك با استفاده از رويكرد شناسه گزيني منطقي

Identification of SNP Interactions of Inflammatory cytokines and anti-inflammatory genes in Systemic Lupus Erythmatosus’s Disease Using Logic Featue Selection

زمينه و هدف: با وجود اينكه تاكنون مطالعات گسترده‌اي برروي تاثير پلي‌مورفيسم‌هاي تك نوكيوتيدي (SNPها) بر روي بيماريهاي مختلف صورت گرفته است ولي لزوم بررسي اثرات متقابل اين SNPها با هم در بروز بيماريها خصوصاً بيماريهاي مرتبط با ژنتيك از يكسو و تعداد زياد اين متغيرها و ضعف مدلهاي كلاسيك آماري در لحاظ كردن آنها از سويي ديگر لزوم بكارگيري روشهاي نوين آماري در تعيين اين اثرات متقابل را نشان مي دهد. لذا در مطالعه حاضر با استفاده از روش نوين شناسه گزيني منطقي به بررسي و تعيين ارتباط مهمترين اثرات متقابل ميان اين SNPها با بيماري لوپوس آريتماتوز سيستميك پرداخته شد. مواد و روش كار:در اين مطالعه اطلاعات مربوط به 11 پلي‌مورفيسم تك نوكليوتيدي واقع در ژن ‌هاي IL-1 cluster ، IL-10 ، TNF-?، IL-4R?براي 376 نفر (188 بيمار و 188 سالم) مورد بررسي قرار گرفت، براي يافتن مهمترين SNPها و اثرات متقابل آنها در ابتلا به بيماري لوپوس روش آماري نوين شناسه گزيني منطقي بكار گرفته شد و متعاقباً نتايج حاصل در مدل رگرسيون لجستيك بكار گرفته شد. يافته ها: نتايج حاصل از رويكرد شناسه گزيني منطقي منجر به شناسايي 2 اثر متقابل دو طرفه گرديد كه تنها اثر متقابل مربوط به پلي‌مورفيسم هاي TNF-? در مدل رگرسيون لجستيك نهايي معني دار نشان داده شد كه به نظر مي‌رسد در ابتلا به بيماري لوپوس موثر ‌باشد. نتيجه گيري: با توجه به نتايج بدست آمده به نظر مي‌رسد كه استفاده از نتايج روشهاي نوين آماري مانند شناسه گزيني منطقي مي‌تواند در يافتن مهمترين اثرات متقابل مهم در بين SNPها در مطالعات با تعداد بالاي متغير بسيار سودمند باشد.

Background & objectives:. Despite extensive studies conducted on single nucleotide polymorphisms (SNPs) effects on different diseases, but the necessity of investigation into interaction of these SNPs together in diseases in particular genetic based diseases in one hand and existence of a large number of these variables and also weakness of classical statiscal models in including such variables in the other hand , underline the necessity of applying new statiscal method to determine these interaction effects .In this study we used logic feature selection approach to determine important SNP interactions associated with systemic lupus erythematosus. Material & Methods: We use information of 11 SNPs located in the genes IL-1 cluster ، IL-10 ، TNF-?، IL-4R? for 376 subjects (188 control subjects and 188 case)to determine influential SNP interactions in patients affected with systemic lupus erythematosus disease using logic feature selection. Consequently, the results were used in logistic regression model. Results: the result of the logic feature selection approach led to the identification of two two-way interactions, but in the final logistic regression model only two-way interaction related to polymorphisms in TNF-? was shown to be significant on occurrence of systemic lupus erythematosus disease. Conclusion: According to our results, it seems that the results of the modern statistical methods like logic feature selection can helpful to find the important SNP interactions associated with disease in studies with large number of variables.