بررسي فراواني ژن اگزوتوكسين A و حساسيت روش واكنش زنجيره‌اي پليمراز در شناسايي سويه‌هاي سودوموناس آئروژينوزا در زخم سوختگي

Evaluation of exotoxin A gene and frequency of polymerase chain reaction sensitivity in detection of pseudomonas aeruginosa isolated from burn patients

زمينه و هدف: سودوموناس آئروژينوزا باكتری گرم منفی و پاتوژن فرصت‌طلبی است كه در تمام محيط‌‌ها قدرت زيست داشته و عامل بسياری از عفونت‌های شديد در انسان مانند آندوكارديت،‌ مننژيت، سپتی‌سمی و عفونت‌های مزمن ريه در بيماران سيستيك فيبروزيس می‌باشد. هدف از اين مطالعه بررسی فراوانی ژن اگزوتوكسين A (exotoxin A, ETA) به‌عنوان يك فاكتور ويرولانس قوی و تعيين حساسيت روش واكنش زنجيره‌ای پليمراز در سويه‌های سودوموناس آئروژينوزاهای جدا شده از بيماران مبتلا به سوختگی بود. روش بررسی: در اين مطالعه 170 نمونه (بيوپسی پوست و خون) از بيماران سوختگی درجه دو و سه بستری در بيمارستان‌ بعثت همدان، ايزوله گرديد كه 79 سويه كشت مثبت سودوموناس آئروژينوزا را نشان دادند.‌ سپس ژنوم سويه‌های شناخته‌شده با استفاده از كيت تخليص ژنوم استخراج و شناسايی سودوموناس آئروژينوزا از طريق روش Polymerase Chain Reaction (PCR) انجام شد. جهت تعيين حساسيت روش PCR، از روش كشت به‌عنوان روش استاندارد طلايی استفاده شد. DNA سودوموناس آئروژينوزا (ATCC 27853) به‌عنوان كنترل مثبت لحاظ گرديد. يافته‌ها: نتايج نشان داد كه از 79 سويه سودوموناس آئروژينوزا ايزوله‌شده از بيماران سوختگی، پنج سويه (33/6%) فاقد ژن ETA بودند و 74 سويه (67/93%) سودوموناس آئروژينوزا جدا شده دارای ژن ETA بودند كه حساسيت آزمايش 04/94% درصد تعيين گرديد. نتيجه‌گيری: نتايج حاصله نشان می‌دهد كه حساسيت روش PCR با واسطه ژن ETA در شناسايی سويه‌های سودوموناس آئروژينوزا قابل توجه بوده و می‌توان از آن به‌عنوان يك فاكتور موثر با دقت بالا در تشخيص سويه‌های سودوموناس آئروژينوزا استفاده كرد.

Background: Pseudomonas aeruginosa is a gram-negative pathogens opportunism which causes severe infections in human beings. The most common infection include: endocarditis, meningitis, septicemia and chronic lung infections in cystic fibrosis pa-tients. This bacterium has many pathogenic factors including; exotoxin A, lipopoly-sacharide, phospholipase C, pili, elastase and alkaline protease. The purpose of this study was to evaluate the frequency of exotoxin A gene (ETA) as a strong virulence factor and sensitivity determination of polymerase chain reaction (PCR) in pseudomonas aeruginosa isolated from second and third-degree burn patients. Methods: This study has performed in Besat University Hospital in Hamadan from January to December 2012. We used 170 isolated samples. The samples were isolated from blood and skin biopsy in second and third-degree burn patients. We had 79 strains positive culture of pseudomonas aeruginosa. Forward and reverse primers used for PCR were designed by DNASIS and Oligo software. Then genomic of known strains were extracted by DNA purification kit and indentified by PCR. The quality and quantity of the extracted DNA was determined using spectrophotometry. For determination of PCR sensitivity was used culture test as gold standard. DNA of pseudomonas aeruginosa (ATCC 27853) was used as a positive control. Finally data was analyzed using SPSS software. Results: Out of 170 isolated samples, 79 strains of pseudomonas aeruginosa isolated from burn patients had positive culture. PCR of isolated positive culture demonstrated that 5 strains (6.33%) were with out this virulence factor and 74 strains (93.67%) had ETA gene. So the sensitivity of test based on sensitivity formula was 94.04%. Conclusion: Our results showed that sensitivity of PCR mediated ETA gene in detection of pseudomonas aeruginosa strains is considerable and this factor can be used as a good factor identifying of pseudomonas aeruginosa. It seems more studies with larger sample size is necessary in this area.