تعيين رديف نوكليوتيدي و قرابت فيلوژنتيكي ژن Tax ويروس لوسمي گاو در ايران

Sequencing and phylogenetic analysis of Bovine Leukosis Virus Tax gene in Iran

ويروس لوسمي گاو (BLV) از خانواده رتروويريده، دون خانواده ارتورتروويرينه و جنس دلتارتروويروس واجد 3 ژن ساختماني اصلي env، pol، gag و تعدادي ژن تنظيم كننده همانند سازي از جمله Tax، Rex، III R وC IV مي باشد. به منظور تعيين قرابت فيلوژني ژن Tax ويروس BLV در نمونه هاي آلوده به اين ويروس در ايران در ابتدا قطعه 927 جفت بازي ژن Tax از چهار نمونه آلوده در سيستم PCR تكثير و جهت تعيين رديف نوكليوتيدي سكانس گرديد. نتايج حاصل از مقايسه رديف نوكليوتيدي تعيين شده در اين مطالعه با سكانس شناخته شده ژن Tax ويروس BLV در ساير كشورها نشانگر وجود 4/3 تا 7/7 درصد تنوع ژنتيكي در اين ژن بود كه در اين ميان بيشترين قرابت با رديف نوكليوتيدي ژن Tax در آمريكا )سكانس (AY700378.1 با 6/96 درصد تشابه و بيشترين تفاوت مربوط به جدايه اين ويروس در استراليا (سكانس AY700379.1) و ژاپن (سكانس AY700381.1) با 3/92 درصد قرابت مشاهده شد.

Bovine Leukosis Virus (BLV) belongs to the genus Deltaretrovirus ,subfamily Orthoretrovirinae of the family Retroviridae comprising 3 main genes of gag, pol and env and a number of replication regulatory genes such as Tax, Rex, R III, C IV. For determination of genetic relationship of Tax gene of BLV in Iran with those in other countries fragments 927bp corresponding to Tax from four infected samples were amplified in PCR system and sequenced for determining nucleotide sequence and compared with identified nucleotide sequence of this gene in other countries.A comparison made on Tax gene in Iran with other countries demonstrated 3.4 to 7.7% variability in Tax gene, of which the greatest sequence similarity exists between sequences of Tax in Iran with USA (AY700378.1)with 96.6% similarity and the least relationship exists between sequences of this virus in Iran with Australia (AY700379.1) and Japan (AY700381.1) with 92.3% similarity