آناليز فيلوژنتيكي و تعيين ترادف ژن اينكلوژن بادي دو جدايه ايراني ويروس خراشك حلقوي ميخك (Carnation etched ring virus)

Phylogenetic analysis and sequencing of inclusion body gene of two Iranian isolates of Carnation etched ring virus

ويروس خراشك حلقوي ميخك (Carnation etched ring virus, CERV)، عضو جنس Caulimovirus و خانواده ي Caulimoviridae است. اين ويروس به عنوان دومين ويروس مهم ميخك پس از ويروس ابلقي ميخك محسوب مي شود. به منظور شناسايي ويروس مذكور، در طي بازديد از گلخانه هاي ميخك استانهاي خراسان رضوي (مشهد) و مركزي (محلات)، نمونه‌‌هاي مشكوك به آلودگي جمع‌آوري گرديد. تشخيص اوليه CERV با استفاده از آزمون سرولوژيكي الايزاي غير مستقيم صورت گرفت. استخراج DNA از برگهاي تازه نمونه هاي آلوده، با استفاده از بافرCTAB انجام شد. در آزمون PCR پس از به كار‌بردن جفت آغازگرهاي اختصاصي قطعه اي به اندازه 1500 جفت‌ باز، واقع در ناحيه اينكلوژن بادي تكثير شد. ترادف هاي بدست آمده، همراه با تعدادي از ترادف هاي كايوليموويروس هاي موجود در بانك ژن مقايسه شد. دندروگرام با استفاده از ترادف ژن اينكلوژن بادي با نرم افزار MEGA5 و به روش Neighbor joining ترسيم گرديد. نتايج حاصل از آناليزهاي فيلوژني نشان داد كه جدايه محلات بيشترين نزديكي را با جدايه هند (AJ853858) به ميزان 4/99% دارد. از طرفي شباهت دو ايزوله ايراني به يكديگر 2/92% و با ساير جدايه هاي موجود در بانك ژن بين 90 تا 4/99% است. در بررسي تغييرات آمينواسيدي جدايه ها، بيشترين تغييرات در جدايه هلند مشاهده گرديد. اگرچه تفاوت قابل ملاحظه اي به ميزان 9/92-6/60% در سطح توالي هاي آمينواسيدي مربوط به ناحيه اينكلوژن بادي در بين كايوليموويروس ها وجود داشت

Carnation etched ring virus (CERV) is a member of family caulimoviridae, caulimovirus genus. The virus is the second important virus after Carnation mottle virus to infect carnation. In order to investigate the presence of this virus in greenhouses carnation plants of Khorasan Razavi (Mashhad) and Markazi (Mahallat) provinces samples which have been showed the symptoms were collected. Primary identification of CERV tested by Indirect enzyme-linked immunosorbent assay. Total DNA was extracted from fresh young leaf tissue by CTAB buffer. Polymerase Chain Reaction (PCR) was carried out using specific primers and fragments of 1500 bp were amplified by PCR. Comparisons were made between these isolates and related sequences of other caulimoviruses available in Genbank. The phylogenetic tree of inclusion body (IB) gene of CERV was drown, by MEGA5 software using Neighbor joining method. The results showed that the maximum similarity of Mahallat isolate was 99.4% to Indian isolate (AJ853858). Comparision of nucleotide sequences was shown the homology of two Iranian isolates together (92.2%) and with the other isolates (90-99.4%). Maximum amino acid changes were indicated in Holland isolate. Although there was a significant difference (60.6-92.9%) in amino acid level between the sequences of the IB region of different caulimovirus.