تشخيص مولكولي كلستريديوم ديفيسيل دربيماران مبتلا به اسهال با استفاده از روش تكثير تك دماي حلقه اي

Molecular Detection of Clostridium Difficile in Patients with Diarrhea via LAMP Technique

سابقه و هدف: كلستريديدم ديفيسيل باسيل گرم مثبت، بی هوازی اجباری است. تشخيص دقيق وسريع يكی از مسائل مهم در كنترل عفونت كلستريديوم ديفيسيل است. هدف از اين پژوهش راه‌اندازی و بهينه‌سازی روش مولكولی تكثير هم دمايی به واسطه حلقه (LAMP) برای ارزيابی شيوع عفونت كلستريديوم ديفيسيل در نمونه‌های اسهالی آبكی بيماران است. مواد و روش‌ها: اين پژوهش به صورت مقطعی- توصيفی بر روی 48بيمار مبتلا به اسهال آبكی (24 بيمار مبتلا به اسهال بيمارستانی، 24 بيمار مبتلا به اسهال متعاقب مصرف آنتی‌بيوتيك) انجام شد. نمونه بيماران مبتلا به اسهال بر روی محيط اختصاصی CDMN آگار كشت داده شدند. 6 پرايمر اختصاصی برای تكنيك LAMP به كار گرفته شد و واكنش LAMP تحت شرايط بهينه انجام شد. تشخيص حساسيت و ويژگی تكنيك LAMP از ويژگی بسيار بالايی برخوردار بوده كه جهت تشخيص كلستريديوم ديفيسيل مورد بررسی قرار گرفت. يافته‌ها: در اين مطالعه حساسيت روش بهينه‌سازی شده LAMP، 10 ذره باكتريايی بود. از 24 بيمار مبتلا به اسهال بيمارستانی و 24 بيمار مبتلا به اسهال متعاقب مصرف آنتی‌بيوتيك به ترتيب 2/18 درصد و 5/11 درصد به وسيله تكنيك LAMP مثبت گزارش شدند. استنتاج: تكنيك LAMP روشی كاربردی، حساس و سريع در تشخيص كلستريديوم ديفيسيل می‌باشد.

Background and purpose: Clostridium difficile is an obligate anaerobic, gram positive bacillus. The purpose of this study was to develop and optimize Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) technique for assessing the prevalence of Clostridium difficile infection in the samples of watery diarrhea. Material and methods: This cross-sectional qualitative study was performed in 48 samples of watery diarrhea (fecal samples were obtained from 24 patients with nosocomial diarrhea and 24 patients with antibiotic-associated diarrhea). All samples were cultured in the specialized CDMN Agar medium. Six specific primers were applied for the LAMP Assay and the LAMP reaction was conducted under optimal conditions. Furthermore, sensitivity and specificity of LAMP were determined to detect Clostridium difficile. Results: In this study, the optimized LAMP technique was determined to be 10 bacterium. In addition, LAMP technique showed a high specificity for detecting the bacteria. Among the patients with nosocomial diarrhea and antibiotic-associated diarrhea, 18.2% and11.5% were reported to be positive, respectively. Conclusion: LAMP was found as an applicable, sensitive, and quick technique for detection of Clostridium difficile.