گروه بندي سويه هاي مختلف باكتري اشرشيا كلي با استفاده از تعيين PCR و مقايسه آن با روش مولتي پلكس thrB توالي ژن

Comparing thrB Gene Sequencing and Multiplex PCR Method in Grouping of the Different Strains of Escherichia Coli

سابقه و هدف: از مهم ترين گروه های شناخته شده باكتري می باشند. بررسی ها نشان داده اين گروه ها دارای تفاوت هايی در بسياری از ويژگی های خود از جمله ميزان مقاومت به آنتی بيوتيك ها، نرخ رشد و ميزان پاتوژنسيته می باشند كه در نتيجه شناسايی گروه های مختلف آن می تواند در درمان بيماری هايی كه توسط اين باكتری ايجاد م ی شوند موثر باشد . در اين بررسی سعی گرديده با توجه به وجود يك سري روشی دقيق جهت شناسايی گروه های مختلف ارائه گردد. ،E. coli اشكالات در روش های قبلی شناسايی گروه هاي و گروه بندی آن ها توسط روش E. coli مواد و روش ها: در اين مطالعه بعد از بررسی توالی كامل 60 سويه باكتري مجازی ، توالی پلی مورف از ژن هوموسرين كيناز جهت گروه بندی PCR با نرم افزارهای PCR مرسوم مولتی پلكس انتخاب گرديد و 20 نمونه سويه باكتری فوق توسط اين روش و روش مولتی پلكس E. coli سويه های مختلف باكتري تعيين گروه شدند. PCR و روش تعيين توالی به PCR يافته ها: 20 نمونه مورد بررسی در اين تحقيق توسط دو روش مرسوم مولتی پلكس صورت صحيح و مشابه گروه بندی گرديدند. ،PCR با روش تعيين توالی نسبت به روش مولتی پلكس E. coli استنتاج: تعيين گروه سويه های مختلف باكتري دقيق تر و مطمئن می باشد.

Background and purpose: The best-known groups of Escherichia coli are B2, B1, A, and D. Previous studies have clearly shown the difference between this group such as resistance to antibiotics, the growth rate, and pathogenicity. Therefore, identifying different groups of E. coli could be of great benefit in curing infections caused by this bacterium. There are some defects in traditional diagnosis methods for E. coli groups, hence, this study aimed at finding a more efficient method. Material and methods: To identify different E. coli groups, after surveying genomic sequence of 60 E. coli and their grouping which was done by silico multiplex PCR method, a polymorphic sequence of homoserine kinase enzyme was selected. Then, 20 unknown samples of E. coli strains were grouped by this sequence and multiplex PCR methods. Results: The 20 unknown samples of E. coli strains were grouped identically in both methods. Conclusion: Identification and grouping of different E. coli strains by sequencing method was found to be more precise than multiplex PCR method.