شناسايي و توالي يابي ژن MT-COX1 در مرغ بومي خراسان

Identification and Sequencing of MT-COX1 Gene in Khorasan Native Chicken

هدف از انجام اين پژوهش بررسي توالي نوكليوتيدي ژن سيتوكروم اكسيداز 1 در ژنوم ميتوكندري مرغ بومي خراسان و شناسايي جهش هاي احتمالي در آن بود. بدين منظور پس از نمونه گيري و استخراج DNA از خون كامل، ژن COX1 با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي تكثير و در پلاسميد pTZ57R/Tدر سويه DH5? باكتري اشيريشياكولاي همسانه‎سازي گرديد. در نهايت پلاسميد نوتركيب از يك كلوني نوتركيب استخراج و پس از خالص سازي توالي يابي شدند. نتايج هم رديفي نوكليوتيدي اين توالي 99 درصد شباهت با توالي مشابه در ژنوم نوكليوتيدي مرغ مرجع (با شماره دسترسيx52392.1) را نشان داد. مقايسه ايندو توالي وجود 6 اختلاف نوكليوتيدي را مشخص نمود. با اين حال فقط سه جهش منجر به توليد اسيدهاي آمينه غيرهمسان گرديد. همچنين نتايج حاصل از مقايسه پروتييني، شباهت 99% در 100% طول را با ناحيه حفاظت شده، زيرواحد 1 سيتوكروم Cاكسيداز مرغ مرجع را نشان داد. بعلاوه در اين مطالعه مشخص گرديد كه مرغ بومي خراسان در توالي‌هاي پروتييني ژن COX1 با ساير نژاد هاي طيور بيش از %96 شباهت دارد.

The purpose of the study was to investigate the nucleotide sequence of the Cytochrome C oxidase 1 gene (MT-COX1) in the Khorasan’s native chicken and identification of possible mutations in it. For this reason, the MT-COX1 gene was cloned using the specific amplification initiators and cloned in the plasmid pTZ57R/T vector in DH5? strain of E. coli – bacteria after sampling and extracting the DNA from the whole blood. Finally, the recombinant plasmid was extracted from a recombinant colony and its sequence was identified after the purification. The results of the nucleotide blast of this peer showed 99 percent similarity to the same nucleotide sequences of the Gallus Gallus (access number x52392.1). The comparison of these sequences also revealed six nucleotide differences.However, only three mutations resulted in production of non-synonymous amino acids. The results of the protein blast also presented 99 percent similarity in 100 percent length to the conserved area of subunit 1 in domain cytochrome C oxidase in Gallus Gallus. Furthermore, it was showed that Khorasan’s native chicken had 96% similarity in protein sequence of gene MT-COX1 to the other poultry breeds.