رونمايي يك پروتيين ايمني‏زاي اختصاصي در اسينتوباكتر بوماني

Unveiling a Specific Immunogen Protein in Acinetobacter baumannii

هدف: اسينتوباكتر بوماني يك باكتري گرم منفي، غير متحرك و هوازي اجباري است كه به عنوان بيماري زاي بيمارستاني شناخته شده و غالباً مقاوم به انواع آنتي‏بيوتيك‏هاست. اين باكتري همچنين به عنوان يك عامل مهم شيوع و مرگ و مير در بيمارستان‏ها مخصوصاً در ميان بيماران داراي نقص ايمني شناسايي شده است. كنترل و درمان عفونت ناشي از آن به دليل توانايي بيماري زا براي مقاومت به انواع آنتي‏بيوتيك‏ها و زنده ماندن در شرايط محيطي مختلف و استفاده از طيف وسيعي از منابع غذايي، سخت است. تشخيص اوليه عفونت ايجاد شده به وسيله اسينتوباكتر بوماني استراتژي مهمي براي كنترل كردن عفونت بيمارستاني ناشي از اين باكتري بيماري زا است. روش‏هاي رايج شناسايي اين باكتري به وسيله روش‏هاي كشت معمول و آزمون‏‏هاي بيوشيميايي است كه به‏دست آوردن نتايج آن‏ها بين ? تا ? روز طول مي‏كشد. بنابراين يك آزمون جديد، سريع، حساس، اختصاصي و اقتصادي كه مديريت سريع عفونت‏هاي اسينتوباكتر بوماني را فراهم مي‏كند، مورد نياز است. ايجاد يك آزمون تشخيصي اختصاصي و حساس به نشانگر زيستي نياز دارد كه واكنش تقاطعي با باكتري‏هاي ديگر نداشته و تنها براي اسينتوباكتر بوماني اختصاصي باشد. مواد و روش‏ها: بر اين اساس، هدف از اين مطالعه شناسايي و توالي‏يابي يك پروتيين غشاي خارجي 4/34 كيلودالتون معرفي شده توسط اسلام و همكارانش از بين پروتيين‏هاي غشاي خارجي اسينتوباكتر بوماني ATCC 19606 است. در مطالعه حاضر از نرم‏افزارهاي مختلف بيوانفورماتيكي براي غربالگري كل پروتيوم باكتري استفاده شد. غربالگري پروتيين‏ها با توجه به ويژگي‏هايي از جمله وزن مولكولي، موقعيت‏يابي، توپولوژي، همولوژي، آنتي‏ژني و آلرژي‏زايي صورت گرفته است. نتايج: سه پروتيين در وزن مولكولي بين 33-36 كيلودالتون به عنوان پروتيين غشاي خارجي شناسايي شدند. براساس تجزيه و تحليل هاي انجام شده و پيش‏بيني‏هاي آنتي‏ژني و ديگر بررسي‏هاي صورت گرفته تنها يكي از ? پروتيين به عنوان آنتي‏ژن اختصاصي اسينتوباكتر بوماني شناخته شد. نتيجه‏گيري: بهترين نامزد پروتييني با شماره دستيابي ZP_05827218.1 توسط بررسي‏هاي بيوانفورماتيكي تعيين شد.

Objective: Acinetobacter baumannii (A. baumannii) is a Gram-negative, non-motile aerobic bacterium which is known as a nosocomial pathogen that is often resistant to a broad range of antibiotics. The pathogen is a serious agent of mortality and morbidity in hospitals, particularly among immunocompromised patients. Treatment and control of its infections is complicated owing to its high antibiotic resistance, survival in various environmental conditions and utilization of wide range of nutrient sources. Early detection of the pathogen in established infections is pivotal for infection control. Culture and biochemical tests are current methods for detection of the bacterium, which take approximately 2-5 days. Hence, a new, rapid, specific and affordable diagnostic test is needed. Development of such test depends on a suitable biomarker that lacks cross-reactivity with other bacteria. This study intends to unveil a 34.4 kDa outer membrane protein (OMP) introduced by Islam et al. in A. baumannii ATCC19606. Methods: We harnessed various bioinformatic servers to screen the entire proteome of this bacterium. Properties critical to the screening included molecular weight, localization, topology, homology, antigenicity and allergenicity of proteins. Results: Three proteins were found as suitable candidate molecular weights as well as localization points of view. BLAST searches, antigen probability predictions and other analyses led to the selection of one protein as the best specific antigen of A. baumannii. Conclusion: The in silico analyses unveiled the best candidate protein vide accession number ZP_05827218.1.