مطالعه ويژگي هاي بافتي و ساختاري برهم كنش بين microRNA و جايگاه هدف آن در ناحيه 3ʹʹUTRژنهاي كد كننده پروتيين بر اساس شواهد دقيق آزمايشگاهي

Structural and Contextual Study of MicroRNA-Target Site Interaction in 3’UTR of Protein Coding Genes, Based on Exact Validated Evidences

هدف از انجام اين مطالعه شناسايي ويژگي هاي نهفته در برهم كنش بين مايكرو آر ان اي (miRNA) و جايگاه هاي هدف آنها بر اساس نتايج تاييد شده آزمايشگاهي بود. miRNA ها توالي هاي كوتاه از جنس RNA هاي غير كد كننده مي باشند كه به طور گسترده اي در تعديل و تنظيم بيان ژنها در تمامي موجودات پرياخته اي نقش دارند. مهمترين چالش پيش رو در بكارگيري اين مولكولها سطح وسيع فعاليت و مكانيسم هاي پيچيده و ناشناخته اي است كه در ضمينه تشخيص ژنهاي هدف توسط آنها بكار مي رود. به منظور شناسايي اين مكانيسم ها اقدام به بررسي ويژگي هاي موجود در برهم كنش بين توالي miRNA و mRNA شد. بدين منظور miRNA ها و جايگاه هاي هدف آنها از پايگاه هاي مرتبط گردآوري و پالايش شدند. ويژگي هاي مختلف از جمله معني داري آماري حضور miRNA در توالي 3ʹUTR، ارتباط جايگاه هدف با موتيف هاي AREs، ويژگي هاي موقعيتي جايگاه هدف در 3ʹUTRو تركيب نوكليوتيدي، ماهيت و وضعيت نوكليوتيدها نسبت به يكديگر در بخش هاي مختلف برهم كنش مورد بررسي قرار گرفت. يافته هاي ما نتايج ارايه شده قبلي را تاييد مي كند. بعلاوه برخي ويژگي هاي جديد مانند ارتباط بين عناصر AREs و جايگاه هدف و همچنين برخي ويژگي هاي ساختاري و بافتي كه نشان دهنده اهميت موقعيت و وضعيت نوكليوتيدها در برهم كنش miRNA-mRNA مي باشد را ارايه مي نمايد.

The objective of this study was to investigate the underlying characteristics of microRNA (miRNA) interaction and and their target sites based on highly accurate published wet lab findings. The miRNAs are a subclass of noncoding RNA with a widespread function in the majority of biological processes via their roles in regulating gene expression. A dilemma regarding the implicating of miRNAs in genetics engineering is their complicate mechanism for target detection and their extended functions. In this regard, we investigated characteristics of miRNA and mRNA interaction. After collecting validated interactions and filtering non-informatic and less accurate records, structural attributes and contextual characteristics of these interactions were investigated. The features were: statistically significant for target site observation in 3’UTR sequence, correlation with AREs elements, composition of nucleotides and their status in duplex, and some structural and positional attributes. Our findings approved previous suggested features and brought out new results such as the relationship of target sites with AREs and some structural and contextual attributions which place emphasis on the importance of positional and compositional state of nucleotide in miRNA-mRNA interaction.