بررسي ايمونوانفورماتيكي پروتيين تروپوميوزين كنه بوافيلوس

Immunoinformatic survey of Boophilus tick tropomyosin protein

زمينه مطالعه: كنه بوافيلوس‌ ‌سبب انتقال برخي از اجرام پاتوژن و كاهش توليد در گاو مي‌شود. پروتيين تروپوميوزين، تنظيم گر فعاليت اكتين بـوده و نقـش مهمـي در واكنش‌هاي ايمني، آلرژي و تهيه واكسن دارد. هدف: روش‌هاي مرسوم شناسايي دقيق شاخص‌هاي آنتي ژنتيك (اپي توپ‌ها)، طاقت فرسا، زمان بر و پرهزينه است، لذا توجه ما در اين مطالعه به سمت توسعه روش‌هاي سريع تر نظير پيشگويي اپي توپ‌هاي احتمالي مورد شناسايي سلول‌ B و ‌+4TCD، مبتني بر توالي و ساختار پروتيين مي‌باشد. روش كار: از گستره وسيعي از برنامه‌ها و ابزارهاي ايمونوانفورماتيك جهت آناليز آنتي ژنسيتي، فراواني ساختار ثانويه پروتيين و دومن‌ها، فاكتورهاي فيزيكوشيميايي مرتبط با مكان اپي توپ‌هاي خطي ،اپي توپ‌هاي سلول B، قطعات پپتيدي متصل شونده به آلل‌هاي MHC كلاس 2 گاو استفاده گرديد. نتايج: آناليز پروتيين با الگوريتم‌هاي مختلف و انتخاب‌ ‌اپي تـــوپ‌هـــاي مـــورد تـــوافـــق در بـيـشـتــر ابــزارهــا مـنـجـر بـه بـه‌دسـت آمـدن سـه پپتيـد بـرگـزيـده بـا خـاصيـت اپـي تـوپـي بـراي سلـول B 80-62-EQLSQANSKLEEKDKALQA-COOH) AA2(NH، 185-170-AMVEADLERAEERAETG-COOH) AA2(NH و 218-200-VGNNLKSLEVSEEKALQKEET-COOH)AA2(NH ‌و يـــــــك پـــپـــتـــيـــــــد بــــــراي سلـــــول T 207-192-LEEELRVVGNNLKSL-COOH) AA2(NH گـرديـد. نتيجه گيري نهايي: جهت تحريك رضايت بخش سيستم ايمني تنها قطعاتي از پـروتييـن (اپي توپ‌ها) كافي مي‌باشد. انتخاب اپي توپ‌هاي بهينه سبب تمركزپاسخ ايمني و تهيه واكسن مناسب شده و از پاسخ‌هاي آلرژيك و نامطلوب مي‌كاهد.

BACKGROUND: Boophilus tick is responsible for the transmission of some pathogens (types of germs) and the reduction of fertility in Cattles. Tropomyosin protein plays an important role in regulating actin function, immune and allergic reactions and vaccine production. OBJECTIVES: Accurate identification of antigenic determinants (epitopes) is difficult, time consuming and not economic, thus we focused on development of rapid methods such as prediction based on sequence and structure of protein. METHODS: A wide array of Immunoinformatics softwares and tools were used for the analysis of antigenicity, frequency in protein secondary structure and domains, physic-chemical factors related to region of linear epitopes, B cell epitopes, and binding peptide segments to MHC II alleles in cattle. RESULTS: Protein analysis with different algorithms and evaluated accuracy of our result with different profiles of protein results in 3 selected epitopes (AA62-80(NH2-EQLSQANSKLEEKDKALQA-COOH), AA170-185(NH2-AMVEADLERAEERAETG-COOH) and AA200-218 (NH2-VGNNLKSLEVSEEKALQKEET-COOH)) for B cell and a epitope AA192-207(NH2-LEEELRVVGNNLKSL-COOH) for T cell. CONCLUSIONS: For desirable stimulation of immune system, only some segments of protein (epitopes) are enough. Selecting efficient epitopes causes concentration immune responses, preparation suitable vaccine and reduces allergic and adverse responses.