اثر افزايش تعداد ماده هاي جمعيت مرجع و نشانگرهاي امپيوت شده بر قابليت اعتماد پيش-بيني ژنومي گاوهاي جرسي

Effect of enlarging the number of reference population cows and imputed markers on reliability of genomic prediction in Jersey breed

هدف از اين تحقيق، ارزيابي صحت حاصل از امپيوت الگوي نشانگري كم تراكم (بطور ميانگين در 10 تكرار 6640 نشانگر) به الگوي نشانگري تراكم متوسط در جمعيت شبيه سازي شده گاو جرسي با استفاده از نرم افزار FImpute و ارزيابي قابليت اعتماد ارزش اصلاحي ژنومي برآورد شده براي دو صفت توليد شير (40/0=2h) و باروري (04/0=2h) بر اساس تعداد مختلف ماده هاي جمعيت مرجع بود. نهصد راس گاو نر كه براساس الگوي نشانگري تراكم متوسط (K50) تعيين ژنوتيپ شده بودند، به منظور ارزيابي صحت امپيوت تعداد مختلف ماده هاي جمعيت مرجع بكار گرفته شدند. نه سناريو براي پيش بيني ارزش اصلاحي ژنومي 3000 حيوان تصادفي انتخاب شده جمعيت آزمون (1000 حيوان در هر نسل) طراحي و ارزيابي شد. ميانگين صحت امپيوت ژنوتيپ ماده ها به الگوي تراكم متوسط 64/98 درصد بود. با توجه به ميزان بالاي نرخ امپيوت نشانگرها تنها يك درصد اختلاف بين ارزش اصلاحي ژنومي پيش بيني شده حاصل از نشانگرهاي K50 در مقايسه با نشانگرهاي امپيوت شده وجود داشت. با توجه به اين اختلاف جزيي و از آنجا كه هزينه تعيين ژنوتيپ يك حيوان بر مبناي الگوي تراكم متوسط دو برابر الگوي كم تراكم است، توصيه مي شود كه تمام نرهاي پروف شده نسل مرجع براساس الگوي K50تعيين ژنوتيپ شده و همه ماده ها به الگوي تراكم متوسط امپيوت شوند تا علاوه بر دستيابي به صحت بالاي پيش بيني ارزش اصلاحي ژنومي براي هر دو صفت، بتوان با كاهش چشمگير هزينه تعيين ژنوتيپ، تعداد حيوانات بيشتري را در جمعيت مرجع بكار برد كه خود منجر به افزايش اطلاعات فنوتيپي، شجره اي و ژنتيكي و در نهايت صحت پيش بيني ژنومي مي شود.