تشخيص سريع RNA ويروس HIV-1 به وسيله روش Real-time Transcription mediated amplification

Rapid detection of HIV-1 viral RNA by real-time transcription mediated amplification assay

چكيده زمينه و هدف: روش‌هاي ملكولي متعددي توسعه يافته‌اند كه قادرند با حساسيت و ويژگي متفاوتي HIV-1 را در نمونه‌هاي باليني تشخيص دهند. در اين مقاله نتايج حاصل از يك مطالعه ارتباط سنجي در راه اندازي و به كارگيري يك روش Real-time PCR TMA نوين جهت تشخيص هم‌ دماي ويروس HIV-1 ارايه شده است. مواد و روش‌ها: در اين مطالعه مقطعي، ست پرايمر و پروب Molecular Beacon توسط نرم افزارهاي اختصاصي و براي يك ناحيه 176 جفت بازي از ژن pol ويروس HIV-1 طراحي شد. براي تعيين حساسيت آناليتيك واكنش از رقت‌هاي لگاريتمي 10-107 كپي RNAهاي حاصل از رونويسي در آزمايشگاه، به عنوان استاندارد استفاده شد. براي ارزيابي حساسيت و ويژگي كلينيكي واكنش از نمونه‌هاي با‌ليني‌ استفاده شد كه پيش از اين مثبت و منفي‌ بودن آنها به وسيله يك تست تجاري معتبر تاييد شده بود. يافته‌ها: حساسيت آناليتيك و كلينيكي اين روش به ترتيب معدل 500 كپي در ميلي‌ليتر و 3/93 درصد در نظر گرفته شد. پرايمرها و پروب طراحي شده تنها به توالي‌هاي اختصاصي HIV-1 متصل مي‌گردند و مطالعات بيوانفورمانيكي هيچ گونه واكنش متقاطعي با ژنوم ساير ويروس‌هاي انتقال يابنده از طريق خون و ژنوم انسان نشان ندادند. ويژگي كلينيكي روش نيز به طور تجربي و با بررسي 20 نمونه منفي به وسيله روش Real-time TMA راه اندازي شده، مورد آزمايش قرار گرفت و معادل 100 درصد در نظر گرفته شد. نتيجه‌گيري: روشTMA Real-time راه‌اندازي شده به علت دارا بودن سرعت، حساسيت و سادگي مي‌تواند به عنوان ابزار مفيدي جهت تشخيص سريع و هم‌ دماي ويروس HIV-1 در نمونه‌هاي خون و پلاسماي بيماران استفاده شود. واژگان كليدي: ويروس نقص ايمني اكتسابي 1، مولكولار بيكن، پروب، تكثير بواسطه نسخه برداري

Abstract Background: Several different molecular methods have been developed that are capable of detecting HIV-1 in clinical specimens with different levels of sensitivity and specificity. This article describes the results of a reliability study on the development and application of a new real-time TMA method for isothermal detection of HIV-1. Materials and Methods: In this ex Primental study, the molecular beacon primer and probe set were designed for a 176-base-pair region of HIV-1 pol gene using a specialized software. Logarithmic serial dilutions from 10-107 copies of an in-vitro transcribed RNA were used for determination of the analytical sensitivity of the assay. Clinical specimens that had previously been evaluated positive or negative by a valid commercial assay were used for assessing the clinical sensitivity and specificity of the assay. Results: The analytical and clinical sensitivities of the assay were determined 500 copies/ml and 93.3%, respectively. The primers and the probe were HIV-1 specific and no cross-reaction was observed with other blood-borne viruses and human genome bioinformatically. The clinical specificity of the developed real-time TMA assay was examined experimentally using 20 negative samples and determined to be 100%. Conclusion: The developed real-time TMA assay can be used as an appropriate tool for the rapid and isothermal detection of HIV-1 in patientsʹ blood and plasma samples. Keywords: Human immunodeficiency virus-1, Molecular Beacon, Probe, Transcription mediated amplification