شناسايي سويه‌هاي اشريشيا كلي انتروتوكسيژنيك با استفاده از روش Real-time PCR در كودكان زير 2 سال شهر شيراز

Identification of enterotoxigenic Escherichia coli strains in children under 2 years of age by real-time PCR in Shiraz

چكيده زمينه و هدف: سويه‌هاي اشريشيا كلي انتروتوكسيژنيك (ETEC) دومين گروه بزرگ اشريشيا كلي در ارتباط با اسهال و مسيول بيش از 25% از كل بيماري‌هاي كودكان مي‌باشند. هدف از اين پژوهش ارزيابي شيوع سويه‌هاي ETEC و ژن‌هاي بيماري‌زاي آن در كودكان زير 2 سال در شيراز مي‌باشد. روش بررسي: اين پژوهش به صورت توصيفي-تحليلي بر روي 285 نمونه مدفوع اسهالي كودكان زير 2 سال در شيراز انجام شد. در ابتدا سويه‌هاي اشريشيا كلي با استفاده از تست‌هاي بيوشيميايي استاندارد جداسازي گرديدند. سپس شيوع سويه‌هاي ETEC و حضور ژن‌هاي st و lt با استفاده از تكنيك Real-Time PCR و حساسيت آنتي‌بيوتيكي با روش انتشار ديسك (CLSI) مورد بررسي قرار گرفت. يافته‌ها: از مجموع نمونه‌هاي مورد پژوهش، 49 مورد (17%) اشريشيا كلي توليد كننده اسهال جداسازي گرديد كه 7 مورد آن (3/14%) مربوط به سويه ETEC بود. از سويه‌هاي ETEC شناسايي شده، 4 مورد (14/57%) ژن lt، 1 مورد (29/14%) ژن stIa و 2 مورد (57/28%) داراي هر دو ژن lt، stIa بودند. تمامي سويه‌هاي ETEC نسبت به آنتي‌بيوتيك‌هاي كلرامفنيكل، آميكاسين و نيتروفورانتويين حساسيت و نسبت به پني‌سيلين و ماكروليدها مقاومت داشتند. نتيجه‌گيري: نتايج اين پژوهش نشان داد كه سويه‌هاي اشريشيا كلي انتروتوكسيژنيك در منطقه مورد پژوهش شيوع گسترده‌اي دارند. بنابراين پايش گسترده بيمارستاني اين پاتوتيپ با استفاده از روش‌هاي دقيق مولكولي به ‌منظور ارزيابي شيوع آن در ساير مناطق كشور پيشنهاد مي‌گردد. كليد واژه‌ها: اشريشيا كلي انتروتوكسيژنيك، Real-time PCR، نوزادان، مقاومت آنتي‌بيوتيكي

ABSTRACT Background and Aim: Enterotoxigenic strains of E. coli (ETEC) form the second largest group of diarrheagenic E. coli and are responsible for more than 25% of infantile diseases. The purpose of this study is to assess the prevalence of ETEC strains and their virulence genes in children less than 2 years of age in Shiraz. Material and Methods: This was a cross-sectional study. 285 stool samples were taken from children under 2 years of age with diarrhea in Shiraz. First, E. coli strains were isolated using standard biochemical tests. Then, prevalence of ETEC strains and presence of st and lt genes were evaluated using real-time PCR. Antibiotic susceptibility of the isolates was evaluated by using disc diffusion method. Results: 49 (17%) diarrheagenic E. coli strains were isolated, 7 cases (14/3%) belonged to ETEC strain. Among isolated ETEC strains, 4 (57.14%) had lt, 1 (14.29%) had stIa and 2 strains (28.57%) had both lt and stIa genes. All ETEC strains were susceptible to chloramphenicol, amikacin and nitrofurantoin, but showed resistance to penicillin and macrolides. Conclusion: The results showed high prevalence of ETEC strains in our study area. We recommend hospital-wide surveillance by using molecular techniques to estimate the prevalence of this pathotype in other regions of our country. Key words: Enterotoxigenic E. coli, Real-time PCR, Infants, Antibiotic resistance