تجزيه و تحليل ژنتيكي و فيلوژنتيكي ناحيه كنترل ژنوم ميتوكندريايي مرغ هاي بومي خراسان

Genetic and phylogenetic analysis of Mitochondrial DNA control region of Khorasan native chicken

مطالعه بر روي مرغ هاي بومي مي تواند به حفظ تنوع ژنتيكي جمعيت ها، پياده نمودن برنامه هاي اصلاح نژادي و بدست آوردن اطلاعات در رابطه با ساختار ژنتيكي آنها كمك كند. توالي يابي ژنوم ميتوكندري يكي از كاربردي ترين روش ها براي تعيين رابطه فيلوژنتيكي بين جمعيت ها و گونه هاي نزديك به هم محسوب مي شود. هدف از اين مطالعه بررسي توالي نوكليوتيدي ناحيه كنترل از DNA ميتوكندريايي مرغ هاي بومي خراسان و مطالعات ژنتيكي و فيلوژنتيكي بود. در اين مطالعه از 5 قطعه مرغ بومي خراسان نمونه خون تهيه شد پس از استخراج DNA از نمونه هاي خون، تكثير ناحيه كنترل به طول 845 جفت باز با آغازگرهاي اختصاصي صورت گرفت. توالي يابي ناحيه تكثير شده به روش سانگر انجام گرديد. با استفاده ازتوالي هاي مشابه ژنوم ميتوكندريايي ديگر نژادهاي مرغ موجود در پايگاه NCBI، درخت فيلوژنتيكي ترسيم شد و ماتريس فواصل ژنتيكي بين مرغ بومي خراسان با ديگر نژادها براي ناحيه كنترل ژنوم ميتوكندريايي تشكيل گرديد. نتايج نشان داد كه در بين توالي هاي نمونه هاي مورد مطالعه، تفاوت هاي هاپلوتايپي وجود نداشت. نتايج آزمون فيلوژنتيكي نشان داد حداقل فاصله ژنتيكي بين مرغ هاي بومي خراسان با مرغ هاي مرندي از ايران، لگهورن سفيد، Buff Cochin و satsuma dori از ژاپن، Lv erwu از چين، Denizli و Gerze از تركيه، Dandarawi از مصر و هند وجود دارد. بنابراين، مي توان نتيجه گرفت كه قرابت زيادي بين مرغ هاي بومي خراسان از ايران با مرغ هاي آسيايي وجود دارد.

Study on native chickens could be considered as a way to maintain population genetic variation, breeding programs development and helps to obtain information on their genetic structure. Mitochondria genome Sequencing is one of the most practical methods in order to determine phylogenetic relationships among close populations and species. The aim of this study was to investigate the nucleotide sequence of the mitochondrial DNA control region of Khorasan native chickens, its genetic and phylogenetic analysis. Blood samples were supplied from 5 Khorasan native chickens. Then 845 bp fragments of extracted DNA were amplified by using specific primers. Sequencing of amplified fragments was carried out with Sanger method. Using of similar sequence of mitochondria DNA from other chicken breeds available in the NCBI database, phylogenetic tree was drawn and matrix of genetic distances was formed between Khorasan native chickens and other breeds for mitochondrial DNA control region. According to the results no variation was observed among the nucleotide sequences. Phylogenetic test results showed the least genetic distance was recognized between Khorasan native chicken with Marandi chicken of Iran, White Leghorn, Buff Cochin and satsuma dori of Japan, Lv erwu of China, Denizli and Gerze of Turkey, Dandarawi of Egypt and India. Thereby can conclude that Khorasan native chicken of Iran has a close relationship with Asian chickens.