نخستين بررسي ويروئيد پوست پينه‏اي سيب در ميزبان‌هاي سيب و گلابي در ايران و تعيين ميزان تنوع ژنتيكي جدايه‏هاي ايراني

First Characterization of Apple scar skin viroid from Apple and pear cultivars in Iran and determination of genetic diversity

ویروئید پوست پینه‏ای سیب، ASSVd(Apple scar skin viroid)، یكی از مخرب‌ترین بیماری‌های ویروئیدی در میان درختان میوه دانه‏دار بوده و میتواند خسارات اقتصادی چشم‌گیری ایجاد نماید. علایم این بیماری شامل شكاف خوردگی، بدشكلی و خال‌دار شدن میوه در باغات سیب و گلابی در استان خراسان رضوی مشاهده گردید. نمونه‌برداری از باغات سیب و گلابی صورت گرفته و RNA از برگ‌های درختان با استفاده از روش به دام اندازی سلیكا (Silica capture method) استخراج گردید. ASSVd پس از انجام آزمون RT-PCR در نمونه‌های حاصل از این باغات شناسایی شد. محصول PCR خالص گردیده و با استفاده از ناقلpGEM®-T Easy همسانه‏سازی شده و پلاسمید نوتركیب حاصل توالی یابی شد. پس از انجام آنالیزهای لازم، 12 جدایه جدید این ویروئید از میزبان‌های سیب و گلابی در بانك ژن (NCBI) ثبت گردید. این جدایه‏ها‏ طولی بین 334 -329 نوكلئوتید داشتند. آنالیز فیلوژنتیكی با استفاده از روش neighbor joining نشان داد كه جدایه‏های ایرانی از سایر جدایه‏های این ویروئید مشخص بوده و در گروه جداگانه‏ای قرار گرفتند. تنوع ژنتیكی از طریق نشان دادن جایگاه‌های جهش جدایه‏های ایرانی بر روی ساختار ثانویه مولكول مرجع ASSVd مورد بررسی قرار گرفت. این مطالعه اولین گزارش از شناسایی و بررسی صفات ویروئید پوست پینه‏ای سیب در ایران میباشد.

Apple scar skin viroid (ASSVd) is one of the most destructive viroid diseases in pome fruits orchards which can cause significant economic losses. Symptoms of this viroid including scaring, distortion and dappling were seen in some apple orchards in east-northern of Iran. Sampling was carried out from apple and pear orchards. The RNA was extracted by Silica capture method from leaves. ASSVd was detected by RT-PCR. The purified PCR products were cloned into pGEM®-T Easy Vector and recombinant plasmids were sequenced and sequencing analysis was done. We reported 12 new variants of ASSVd from apple and pear hosts with variable length between 329 to 334 nucleotides. Phylogenetic analysis by the neighbour joining method showed that the Iranian isolates were distinct from other isolates of ASSVd. Mutation sites were indicated along the secondary structure of ASSVd molecule. This study provides the first report of detection and molecular characterization of ASSVd in apple and pear in Iran.