بررسي اطلاع‌دهندگي ماركر D9S1876 واقع در ناحيه ژنTMC1 در جمعيت ايراني

Informativeness of D9S1876 Marker Located within the TMC1 Gene in Iranian Population

زمينه و هدف: جهش‌هاي ژن TMC1 يكي از فراوان‌ترين دلايل ناشنوايي غيرسندرومي اتوزومي مغلوب در جمعيت‌هاي مختلف مي‌باشند. با توجه به اندازه بزرگ ژن TMC1 و تعداد زياد جهش‌هاي شناخته شده در اين ژن، استفاده از ماركرهاي چند شكل جهت تشخيص ناقلين و تشخيص پيش از تولد در خانواده‌ها پيشنهاد مي‌شود. در اين مطالعه، اطلاع‌دهندگي ماركر D9S1876 با توالي‌هاي تكراري CA، در پنج قوم مختلف جمعيت ايراني شامل قوم فارس، آذري، تركمن، گيلك و عرب مورد بررسي قرار گرفت. روش بررسي: جايگاه ژني D9S1876 واقع در ناحيه ژن TMC1 توسط واكنش زنجيره‌ي پلي‌مراز (PCR) و سپس ژل الكتروفورز پلي‌اكريل‌آميد (PAGE) و در نهايت الكتروفورز فلورسنت مويينه تعيين ژنوتيپ گرديد. نتايج حاصل از ژنوتيپ‌هاي 165 فرد سالم غيرخويشاوند توسط نرم‌افزار‌هايGeneMarker HID Human STR Identity, ، GenePop وMicrosatellite Tools مورد آناليز قرار گرفتند. يافته‌ها: نتايج به دست آمده از برنامه GenePop حاكي از حضور 9 آلل در جمعيت ايراني مي‌باشد كه بيشترين فراواني مربوط به آلل 148 جفت باز با فراواني 85/34 درصد در جمعيت ايراني مي‌باشد. بالاترين هتروزيگوسيتي مشاهده شده در ميان اقوام مختلف و كل جمعيت ايراني متعلق به قوم عرب به ميزان 9/90 درصد مي‌باشد. در نهايت مقدار PIC محاسبه شده گوياي اطلاع‌دهندگي شديد ماركر D9S1876 در اقوام مورد بررسي جمعيت ايراني (مقدار PIC بالاتر از 7/0) مي‌باشد. نتيجه‌گيري: ماركر D9S1876 را مي‌توان به عنوان ماركر با اطلاع‌دهندگي شديد جهت شناسايي ناقلين وتشخيص پيش از تولد مرتبط با ناشنوايي غيرسندرومي اتوزومي مغلوب وابسته به ژن TMC1 به روش آناليز پيوستگي در جمعيت ايراني معرفي نمود. واژگان كليدي: ناشنوايي غيرسندروميك اتوزومي مغلوب، هتروزيگوسيتي، ژن TMC1 ، توالي تكراري ريز‌ماهواره

Background and Objective: TMC1 gene mutations are known as the most common causes of autosomal recessive non-syndromic hearing loss (ARNSHL) in different populations. According to large size of the TMC1 gene and the large number of identified mutations in this gene, application of polymorphic markers is suggested for carrier detection and prenatal diagnosis in families. In this study, informativeness of D9S1876 STR marker with CA repeat was evaluated in five various ethnic groups of the Iranian population including Fars, Azeri, Turkmen, Gilak and Arab. Materials and Methods: The D9S1876 locus located within the TMC1 gene region was genotyped by polymerase chain reaction (PCR) followed by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and fluorescent capillary electrophoresis. The genotyping data from 165 unrelated healthy individuals were analyzed by GeneMarker HID Human STR Identity software, GenePop program and Microsatellite Tools software. Results: The obtained results via GenePop indicated the presence of 9 alleles of D9S1876 marker in Iranian population. The most frequent allele computed for 148bp with 34.85% frequency. The maximum heterozygosity observed in Arab people with 90.9%. The data of PIC value demonstrated that the D9S1876 marker was found highly informative in the population examined (PIC value above 0.7). Conclusion: D9S1876 can be suggested as a highly informative marker for possible carrier detection and prenatal diagnosis of TMC1 gene based ARNSHL by linkage analysis in Iranian population. Keywords: ARNSHL, Heterozygosity, TMC1 gene, Microsatellite Repeats