تايپينگ سويه هاي اشريشياكلي مولد شيگاتوكسين جدا شده از كودكان مبتلا به اسهال به روش ترادف يابي چند جايگاهي (MLST)

Typing of the Shiga toxin – Producing Escherichia coli strains isolated from diarrheic children using Multi Locus Sequence Typing (MLST)

زمينه و اهداف: اشريشياكلی مولد شيگاتوكسين پاتوتيپی از اشريشياكلی بوده كه سروگروپ های مختلفی از آن از جمله O157  و O26 در ايجاد اسهال كودكان دخيل می باشند. مطالعه ی حاضر با هدف بررسی ارتباط كلونال جدايه های اشريشياكلی مولد شيگاتوكسين جدا شده از موارد اسهال در كودكان كمتر از 60 ماه به روش ترادف يابی چند جايگاهی (MLST) انجام گرفت. مواد و روش كار: تعداد 20 جدايه اشريشياكلی مولد شيگاتوكسين از دو گروه سرمی O26 و O157 جدا شده از كودكان مبتلا به اسهال انتخاب و پس از رديابی 7 ژن خانه داردر آن ها،توالی نوكلئوتيدی تعيين شده از هر ژن در هر جدايه در بانك اطلاعاتی MLST آناليز و علاوه بر تعيين كلون های مختلف، آلل های مربوط به هر ژن در هر كدام از ST های شناخته شده تعيين گرديد. يافته‌ها: در مجموع 3 كلون ST10، ST11 و ST21 در 20 جدايه مورد مطالعه شناخته شد كه در 3 خوشه ژنتيكی A، B و C قرار گرفتند. نتيجه‌گيری: علی رغم وجود كلون های مختلف در بين جدايه های مورد مطالعه، تنوع ژنتيكی زيادی در بين جدايه های متعلق به دو گروه سرمی O26 و O157 وجود نداشت كه نشان گر وجودارتباط كلونال بين جدايه های در حال گردش اشريشياكلی در سطح شهر تهران می باشد.

Background and Aim: Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) may also be referred to as Escherichia coli pathotypes, since E. coli serogroups O26 and O157 are frequently implicated in outbreaks of diarrhea in children. This study aimed to analyze the clone relationship of Shiga toxin-producing E. coli serogroups O157 and O26 isolated from diarrhea in children less than 60 months by Multilocus Sequence Typing (MLST) method. Materials and Methods: A total of 20 Shiga toxins-producing E. coli (STEC strains were selected from two serogroups O26 and O157 isolated from diarrheic children, and the PCR products from amplification of seven housekeeping genes were sequenced in them. The nucleotide sequences of each gene in each isolate were analyzed, then queried to the MLST database and, in addition, determination of allele-specific of each gene were determined of sequence types (ST). Results: A total of 3 clones ST10, ST11 and ST21 were identified from 20 isolates, which identified three gene clusters A, B and C, respectively. Conclusions: Despite of the different ST were found in our isolates studied. There was no a high genetic diversity among the two serogroup O26 and O157 isolates, which indicates the clone relationship between E. coli isolates circulating in Tehran.