پيشگويي مناطق آنتي ژني در دو توالي پروتئيني ALS1 و HWP1 در جدايه هاي واژينالي كانديدا آلبيكنس با تجزيه و تحليل بيوانفورماتيكي

Prediction of antigenic sites on ALS1 and HWP1 protein sequences in vaginal isolated C. albicans of using bioinformatics analysis

زمينه و اهداف: توانايی تشخيص مناطق آنتی ژنی در پروتئين ها از جمله عوامل مهم برای درمان می باشد. هدف از اين مطالعه پيشگويی مناطق آنتی ژنی در دو توالی پروتئينی ALS1 (Agglutinin Like Sequence) و HWP1 (Hyphal Wall Protein Sequences) در جدايه های كانديدا آلبيكنس عامل عفونت واژينالی با تجزيه و تحليل بيوانفورماتيكی می باشد. مواد و روش كار: در اين بررسی 7 جدايه از زنان مبتلا به عفونت واژينال كه طی سال های 1390و 1391 از مراكز مختلف پزشكی تهران جدا شده بود انتخاب گرديد. استخراج DNA به روش فنل- كلروفرم- ايزوآميل الكل صورت گرفت. سپس Multiplex PCR با استفاده از پرايمرهای اختصاصی انجام شد. به منظور مطالعات بيوانفورماتيكی، ژن ها توالی يابی و ترجمه شدند. سپس مناطق آنتی ژنی دو توالی پروتئينی از طريق برنامه  Physico-Chemical Profilesشناسايی شدند. يافته‌ها: نتايج حاصل حضور دو ژن als1 و hwp1 در جدايه های مورد مطالعه را نشان داد. در دو توالی پروتئينی ALS1 و HWP1 به ترتيب 2 و 1 منطقه آنتی ژنی تشخيص داده شد. نتيجه‌گيری: طبق مطالعات گذشته، فسفريلاسيون سرين و ترئونين يكی از مكانيسم های موثر در آنتی ژنسيته دو پروتئين ALS1 و HWP1 است. نتايج حاصل از اين مطالعه تاييد نمود كه سرين و ترئونين عمده ترين آمينواسيدها در اين مناطق با خاصيت آنتی ژنتی بالا می باشند.

Background and Aim: The ability to predict antigenic sites on proteins is of major importance for medication. The aim of this study was to predict the antigenic sites on Agglutin in Like Sequence (ALS1) and Hyphal Wall Protein Sequences (HWP1) in Candida albicans isolated of vaginal infections using Physico-Chemical Profiles server. Materials and Methods: 7 isolates were obtained from women with vaginal infection which were collected from various medical centers of Tehran in 2011 and 2012. At the first,DNA was extracted  by Phenol-Chloroform method. Multiplex PCR was performed by using specific primers. In order to do bioinformatic studies, the genes were sequenced and then translated. Antigenic sites of protein sequences were identified by Physico-Chemical Profiles program. Results: The results showed that the presence of two genes als1 and hwp1 in isolates. In ALS1 and HWP1, respectively 2 and 1 antigenic site with the most antigenicity were identified. Conclusions: According to previous studies, Serine and Threonine phosphorylation is an important mechanism in pathogenesis of ALS1 and HWP1 proteins. Results in this study showed that serine and threonine are the most amino acids in the antigenic sites with high antigenicity property.