طراحي روش Nested-PCR sequencing براي تعيين تغييرات ژنتيكي ناحيه غير كد شونده كنترلي پوليوماويروس BK در بيماران گيرنده پيوند كليه

Evaluation of the Genetic Variation of Non Coding Control Region of BK Virus Using Nested-PCR Sequencing Method in Renal Graft Patients

زمينه و هدف: پوليوماويروس BK‌ يك عفونت فراگير باشيوع بيش از 80%در دنيا ميباشد. يكی از دلائل اهميت پوليوماويروس BK ، بروز آسيبهای كليوی و رد پيوند در بيماران گيرنده پيوند كليه می باشد. ناحيه غيركدشونده كنترلی ژنوم پوليوماويروس نقش تنظيمی در بيان ژنها و تكثير اين ويروس دارد، اين مطالعه با هدف راه اندازی روشی مولكولی حساس و دقيق بمنظور بررسی الگوی ژنتيكی اين ناحيه در بيماران انجام گرفت. روش بررسی: در اين مطالعه، تعداد 129 نمونه ادرار از بيماران گيرنده پيوند كليه جمع آوری گرديد. سپس باطراحی و راه اندازی روش تركيبی PCR آشيانه ای و ترادف يابی (Nested-PCR sequencing) برای اولين بار تغييرات احتمالی ايجاد شده در ناحيه غير كد كننده كنترلی ژنوم پوليوماويروس BK در نمونه های فوق بررسی گرديد. يافته‌ها: نمونه های مورد مطالعه از (9/58%) 76 بيمار مرد و (1/41%) 53 بيمار زن جمع آوری گرديدند. ميانگين سنين افراد 89/0±0/38 بود. به طور كلی (6/56%) 73 نمونه از نظر حضور پوليوماويروس BK مثبت ارزيابی گرديدند. با بررسی توالی ژنومی، تغييرات ايجاد شده در ناحيه غير كد كننده كنترلی ژنوم پوليوماويروس BK در نمونه های مثبت تعيين گرديد. نتيجه‌گيری: بررسی ناحيه غير كد شونده كنترلی ژنوم پوليوما ويروس BK در نمونه‌های ادرار بيماران گيرنده پيوند كليه نشان داد كه ژنوتيپ های بازآرايی شده شايع ترين ژنوتيپها در اين بيماران می باشند. بررسی اين توالی نشان داد كه اين بازآرايی ها دارای الگوی مشخص و متفاوت از سويه استاندارد آركی‌تايپ می باشند.

Background & aim: Polyomaviruses (BK) is a comprehensive infection with more than of 80% prevalence in the world. One of the most important reasons of BK virus nephropathy is in the renal transplant recipients and rejection of transplanted tissue between them. Non Coding region of this virus play a regulatory role in replication and amplification of the virus. The aim of this study was to evaluate the genetic patterns of this area in renal graft at Namazi Transplantation Center, Shiraz, Iran. Methods: In the present experimental study, 380 renal allograft serums were collected. DNAs of 129 eligible samples were extracted and evaluated using a virus genome. The presence of the virus was determined by qualitative and sequencing. Of these, 129 samples were tested for the presence of virus according to the condition study, using quantitative, qualitative genomic amplification and sequencing. Results: The study showed symptoms of nephropathy, 76 (58.9%) of them were males and 46 (35.7%) were females with the mean age 38.0±.089 years of age. In general, 46 patients (35.7%) percent) were positive for BK Polyomaviruses. After comparing the genomic sequence with applications of molecular they were categorized in three groups and then recorded in gene bank. Conclusion: About 35% of renal transplant recipients with high creatinine levels were positive for the presence of BK virus. Non-coding region of respondents in the sample survey revealed that among patients with the most common genotypes were rearranged the entire transplant patients were observed at this tranplant center. Examination of these sequences indicated that this rearrangments had a specific pattern, different from the standard strain of archaea type.