رديابي و تعيين خصوصيات مولكولي ژن پروتيين پوششي سه جدايه ‌ايراني ويروس آبله آلو (Plum pox virus)

Detection and Molecular Characterization of Coat Protein Gene of Three Iranian Plum pox virus Isolates

ويروس آبله آلو (Plum pox virus, PPV) يكي از خسارتزاترين ويروس‌هاي درختان ميوه هسته‌دار در دنيا مي باشد. به منظور رديابي و بررسي خصوصيات مولكولي جدايه‌هاي‌ايراني PPV، طي سال‌هاي زراعي 93-91، تعداد 130 نمونه برگي درختان هسته دار با علايم ويروسي از باغات درختان هسته دار استان‌هاي اردبيل ، مازندران و تهران جمع‌آوري شدند. رديابي ويروس با روش‌هاي ELISA DAS-، ايمونوبلات و همچنين RT-PCR با آغازگر‌هاي اختصاصي ژن پروتيين پوششي (CP) ويروس صورت پذيرفت. نتايج بدست آمده حاكي از وجود آلودگي در برخي از نمونه‌ها شامل 3 نمونه از دشت مغان، 24 نمونه از جويبار و 2 نمونه از دركه بود. محصول RT-PCR بدست آمده از تكثير ناحيه ژن CP ويروس به طول 990 جفت باز مربوط به سه جدايه تعيين توالي گرديده و ترادف ناحيه كد كننده با ساير جدايه‌هاي موجود در NCBI مقايسه شدند. نتايج اين آزمون نشان داد كه دو جدايه 10s و 15s (از منطقه جويبار) داراي 3/99 و 4/99 درصد تشابه با سويه M (رس شمار EF626533.1) و جدايه M6 (از دشت مغان) داراي 4/99 درصد شباهت با سويه D ويروس‌ (رس شمار HF585098.1) مي‌باشند. ‌اين اولين گزارش از رديابي مولكولي سويه‌هاي M و D ويروس آبله آلو بر مبناي توالي نوكليوتيدي در مناطق ذكر شده مي‌باشد.

Plum pox virus (PPV) is considered as one of the most devastating viruses of stone fruits in the world. During the growing seasons of the years 2012-2014, to detect and determine molecular characterization of Iranian isolates of PPV, sampling was done from stone fruit gardens in some parts in north and north western and central of Iran. A total number of 130 symptomatic Prunus leaf samples with virus like symptoms and symptomless weeds were collected from Ardebil, Mazandaran and Tehran. PPV detection was performed using DAS-ELISA, Dot Immuno Binding Assay and also RT-PCR with specific designed primers amplifying the gene encoding coat protein (CP). The results obtained from serological and molecular assays revealed presence of infection in 3 samples from Dasht-e Moghan, 24 samples from Jouybar and 2 samples from Darakeh. PCR amplicons belongs to the different regions were sequenced and compared with the corresponding worldwide strains available in NCBI. Comparisons showed the close similarity between the M6 isolate (from Dasht-e Moghan) and 15S and 10s isolates (from Jouybar) with the D (acc. nr. HF585098.1) (99.4%) and M (acc nr EF626533.1) (99.3% and 99.4%) strains of PPV, respectively. To the best of our knowledge, this is the first report of molecular detection of M and D strains of PPV in the studied regions based on the nucleotide sequence.