شناسايي و مقايسه توالي ‍‍ژن VP28 ويروس لكه سفيد ميگو، جداشده از ميگوي وانامي در چابهار (ايران)

Detection and Comparison of Sequences of VP28 Gene of White Spot Syndrome Virus Affecting Litopenaeus vannamei in Chabahar (Iran)

سابقه و هدف:عفونت ويروس سندروم لكه سفيد (WSSV)،باعث خسارات زيادي در توليد و اقتصاد فرهنگ ميگو در سطح جهان است. براي اولين بار بيماري لكه سفيد (WSD) در سال 2004 در بوشهر و در سال 2008 در سيستان و بلوچستان گزارش شده است. ويروس لكه سفيد ميگو در بين ويروس‌هاي آلوده‌كننده ميگو هاي پناييده بسيار بيماري زا است. مواد و روش ‌ها: نمونه‌هاي DNA ويروس لكه سفيد ميگو از ميگو هاي بيمار به دست آمد. از آغازگر اختصاصي PCR براي تكثير ژن VP28 در WSSV مورد استفاده قرار گرفت. ژن VP28 از DNA جداشده از WSSV توسط PCR تكثير شد و محصول PCR تعيين توالي شد. يافته‌ها: محصول توالي يابي شده به شماره ثبت (KF723558) در بانك جهاني ژن ثبت شد.توالي نوكليوتيدي (KF723558) با توالي هاي ژن VP28 در پايگاه داده NCBI مقايسه شد. نتيجه‌گيري:36 توالي هم ترازي قابل‌توجهي با 99? شباهت كه شامل توالي‌هايي از كره، ژاپن، ايالات‌متحده، اندونزي، چين، ويتنام، تايوان، هلند و تايلند نشان داد. با اين حال همساني 100? در توالي‌ها مشاهده نگرديد.

ABSTRACT Aim and Background: White spot syndrome virus (WSSV) infection has resulted in severe production and economic losses in shrimp culture globally. The first time the white spot disease (WSD) was reported in Iran was in 2004 and 2008, respectively in Bushehr Province. In Sistan and Balochestan province only the WSD was reported in 2008. White spot syndrome virus (WSSV) is the most pathogenic among the penaeid shrimp viruses. Materials and Methods: WSSV DNA samples for PCR test were prepared from diseased shrimp. Specific PCR primers were used for the amplification of VP28 gene in WSSV. VP28 gene of DNA isolate of WSSV was amplified by PCR and the PCR product was sequenced Results: The results were submitted to GenBank (KF723558). The nucleotide sequence (KF723558) was compared with the VP28 gene sequences in the GenBank database (NCBI). Conclusion: 36 sequences showed significant alignments with 99% homology which include the sequences from Korea, Japan, US, Indonesia, China, Vietnam, Taiwan, the Netherlands and Thailand. However, the homology was not observed 100% in the sequences.