طراحي پرايمرهاي اختصاصي براي مطالعه تنوع تك نوكليوتيدي (SNP) در ژن ها و تعيين عملكرد آنها

Designing Specific Primers to Study Single Nucleotide Diversity (SNP) of Genes and to Determine their Performance

اطلاعات زيادي در مورد توالي بسياري از ژن ها بدون آنكه عملكرد اين توالي ها شناخته شده باشد، وجود دارد. از اين رو تحقيقات فراواني از طريق روش هاي ژنتيكي معكوس براي پر كردن شكاف بين ساختار و عملكرد اين توالي ها انجام گرفته است. بدين منظور آزمايشي با هدف چگونگي طراحي پرايمرهاي اختصاصي ژن، كه بتوانند تنوع تك نوكليوتيدي و تاثير آن بر عملكرد ژن را تعيين نمايند، در مركز بين المللي تحقيقات كشاورزي در مناطق خشك (ICARDA) انجام گرفته است. ژن هاي مورد بررسي در اين آزمايش دو ژن متحمل به تنش شوري در جو، CBL4 و HvHKT1، بوده است و هشت جفت پرايمر براي اين دو ژن طراحي گرديد. كارآيي پرايمرها براي تكثير منطقه مورد نظر و نشان دادن تنوع تك نوكليوتيدي از طريق واكنش زنجيره اي پليمراز1 و توالي يابي قطعات تكثيري مورد ارزيابي قرار گرفت. همه پرايمرهاي طراحي شده داراي قابليت بالايي از نظر تكثير قطعات ژنومي مربوط و تعيين تنوع تك نوكليوتيدي بودند. اين پرايمرها اختصاصي بوده و از مناطق كدكننده ژن طراحي شدند. لذا به كمك آنها مي توان نقش تنوع نوكليوتيدي موجود بين ژنوتيپ هاي مختلف در تغيير عملكرد ژن را مورد مطالعه قرار داد. همچنين انتخاب به كمك اين ماركرهاي اختصاصي داراي كارآيي بيشتري نسبت به انتخاب بر اساس ماركرهاي پيوسته با ژن مي باشد.

There is a lot of information about genes sequence but their functions are still unknown. So, to fill the gap between structure and function of these sequences many reverse genetic researches have been done. Current experiment studying, how to design gene-specific primers, that can determine single nucleotide diversity and its impact on gene function.This research was condacted at International Center for Agricultural Research in the Dry Areas (ICARDA). Genes studied in present experiment include two genes responsible for salinity tolerance in barley, CBL4 and HvHKT1, in which eight primer pairs were designed. Primers efficiency for amplification of desired regions and demonstration of the single nucleotide variation was assessed through polymerase chain reaction and sequencing the fragments. All primers were designed with high function for amplification of genomic fragments and the associated single nucleotide diversity. These specific primers were designed from gene coding regions. They can therefore help to study nucleotide diversity between different genotypes and their roles in changes in gene function. Also, selection based on gene-specific markers would be more efficient than linked markers.