بررسي EST هاي گندم در برهمكنش با قارچ بيمارگر Mycosphaerella graminicola

Study of Wheat ESTs in its interaction with Mycosphaerella graminicola

در اين مطالعه، 10438 EST كه در پايگاه NCBI در رابطه با تعامل گندم و بيمارگر Mycosphaerella graminicola (فرم غيرجنسي Zymoseptoria tritici) ثبت شده بودند، استخراج شدند. پروتيين هاي غير تكراري و مرتبط با EST ها در بانك اطلاعاتي NCBI توسط نرم افزار SEQtoolsبه دست آمدند. اين پروتيين ها بر اساس نوع، طبقه بندي شده و در 279 گروه قرار گرفتند. سپس در سايتKEGG ، مسير 112 عدد از اين پروتيين ها تجزيه و تحليل و 55 مسير شناسايي و ارتباط بين اين مسيرها و پاسخ هاي دفاعي گندم مورد بررسي قرار گرفت. در ادامه اين مسيرها بر اساس عملكرد گروه-بندي شده و در هشت گروه عملكردي (شامل پروتيين هاي دفاعي، پروتيين هاي درگير در فرايند انرژي سلولي، پروتيين هاي درگير در فرايند متابوليسم سلولي، پروتيين هاي درگير در فرايند پردازش پروتيين ها، پروتيين هاي درگير در فرايند پردازش RNA، پروتيين هاي درگير در چرخه هاي سلولي، پروتيين هاي درگير در تخريب پروتيين ها و پروتيين هاي درگير در فرايند سيگنال دهي سلولي) قرار گرفتند. مسيرهاي متابوليكي تثبيت كربن در فرايند فتوسنتز و پروتيين هاي درگير در فرايند دفاعي به ترتيب با دارا بودن 745 و 251 EST، در مرتبه اول و دوم قرار داشتند.. سپس نقش ESTها مخصوصاً آن هايي كه در مسيرهاي دفاعي گياهي درگير بودند به صورت موردي مطالعه شدند و عملكرد آن ها در مسير دفاع گياه گندم مشخص شد. با استفاده از اطلاعاتي كه اين بررسي در اختيار قرار مي‌دهد مي توان ژن هاي ديگري كه به طور مستقيم و همچنين غير مستقيم در فعاليت هاي دفاعي گياهي شركت مي كنند، مورد بررسي قرار داد.

In this study, 10438 ESTs related to the interaction of wheat and Mycosphaerella graminicola (Anamorph: Zymoseptoria tritici) were searched in the NCBI Genebank. Non redundant related proteins of these ESTs in NCBI genebank were analyzed by Seqtools software. Among 10438 studied ESTs, 3868 ESTs had related proteins. These proteins were classified in 279 groups based on the type of them. Related pathways of 112 proteins were found in the KEGG site. Subsequently, the relationship between 55 searched pathways and defense responses in plants interact with pathogen was studied. Finally, these pathways were classified based on function in eight groups. Functional groups were included: Defense, Energy, Metabolism, Protein Process, RNA process, Cell cycle, Protein degradation and Signaling. The maximum number (745) of ESTs was related to proteins involved in cellular energy group, following by functional pathway related to defenses with 251 ESTs.