مقايسه نشانگرهاي اينتروني و اگزوني در ارزيابي تنوع ژنتيكي آويشن كرك آلود (Thymus pubescens)

Comparison of intron and exon markers in assessment of genetic diversity between Thymus pubescens

آويشن كرك آلود (Thymus pubescens) يكي از گياهان دارويي خانواده نعناعيان است. با توجه به مشكلات اصلاحي گياهان دارويي، استفاده از نشانگرها در بررسي تنوع ژنتيكي آنها ابزار قدرتمندي محسوب مي شود. در اين تحقيق جهت تعيين تنوع ژنتيكي آويشنهاي كرك آلود از 30 آغازگر نيمه تصادفي از دو گروه آغازگرهاي اينتروني و اگزوني استفاده شد. پس از مشاهده محصولهاي واكنش زنجيره اي پليمراز بر روي ژل آگارز و امتيازدهي باندهاي DNA، تجزيه و تحليل با نرم افزار DARwin5 انجام شد. كل آغازگرها 96 درصد چندشكلي نشان داد. بيشترين ميزان اطلاعات چندشكلي و شاخص نشانگر در آغازگرهاي اينتروني و اگزوني را به ترتيب آغازگرهايIT18-1 و ET12-27 تشكيل دادند. در هر دو گروه آغازگرها بيشترين شباهت ژنتيكي را دو توده با منشا جغرافيايي يكسان تشكيل دادند و گروه بندي تجزيه خوشه اي با گروه بندي تجزيه مولفه هاي اصلي همخواني داشت. نتايج نشان داد كه آغازگرهاي اينتروني بهتر از آغازگرهاي اگزوني توانسته توده هاي آويشن كرك آلود را از هم تفكيك كنند.

Thymus pubescens is one of the medicinal plants of Lamiaceae, growing endemically in most regions (especially in north and west) of Iran. Molecular markers were used in genetic diversity studies of medicinal plants for breeding applications. In this study, 30 semi-random primers, including IT (intron targeting) and ET (exon targeting), were used for assessment of genetic diversity among Thymus pubescens accessions. DNA extracted from fresh leaves of Thyme and polymerase chain reaction products were separated on 1.5% agarose gel by electrophoresis. All of primers produced 559 bands which 96% of them were polymorphic. 302 and 257 polymorphic bands belong to IT and ET primers, respectively. The highest polymorphic information content (PIC) and marker index (MI) among IT and ET primers belonged to IT18-1 and ET12-27, respectively. Cluster analysis 0f IT and ET primers, using UPGMA method, Diceʹs similarity coefficient and DARwin5 software, divided accessions into three and four clusters, respectively. In both dendrogram, the highest genetic similarity showed between two accessions with similar geographical origin. Cluster analysis results were aligned with grouping of principal component analysis. Results of this study revealed that IT primers could discriminate Thymus pubescens accessions in compared with ET primers.