بررسي عملكرد توالي نشانه در انتهاي آمين دو پروتيين Ppic و Trmt1 انسان با سيستم ترشح مخمر (YST)

Test functionality of the human Trmt1 and Ppic predicted signal peptides by yeast secretion trap (YST)

پروتيينهاي ترشحي و خلال غشايي در بسياري از فرآيندهاي زيستي نقش كليدي دارند. نرم افزار هاي بيو انفورماتيكي متعددي جهت يش بيني اين پروتيينها طراحي شده است. همچنين چندين روش تجربي نيز جهت به دام انداختن اين پروتيينها معرفي شده است. YST (yeast secretion trap) ، يكي از روشهاي تجربي است كه در اين زمينه استفاده شده است. هدف از اين تحقيق بكارگيري سامانه YST جهت ارزيابي پروتيينهاي ترشحي و ترا غشايي بود كه تا كنون در كشور ايران از اين سامانه در شناسايي پروتيينهاي ترشحي و ترا غشايي استفاده نشده است. به اين منظور عملكرد دو توالي نشانه پيش بيني شده توسط نرم افزار هاي بيو انفورماتيكي، در انتهاي آمين دو پروتيين انساني Ppic و Trmt1 و توالي نشانه شناخته شده Pi16 (عملكرد اين توالي انساني به عنوان توالي نشانه با سامانه yst قبلاً شناخته شده است) به عنوان كنترل مثبت و توالي نشانه ميتوكندري Tfam، به عنوان كنترل منفي با اين روش مورد ارزيابي قرار گرفت. نتايج حاصل از كنترل مثبت و منفي تحقيق، حاكي از كاركرد صحيح سيستم بود، با اين وجود هيچيك از دو توالي هدف پيش بيني شده به عنوان توالي نشانه در اين سيستم عملكرد توالي نشانه را نداشتند و با توجه به گزارشهاي قبلي و نتايج حاصل از اين تحقيق به نظر مي رسد اين سامانه توانمندي بالايي در شناسايي پروتيينهاي ترشحي و ترا غشايي يوكاريوتهاي عالي از جمله تواليهاي نشانه انساني را ندارد .

Secreted and transmembrane proteins are key players in various biological processes. they are accessible to various drug delivery mechanisms and they have a critical role as diagnostic and prognosis factors in clinical states . There are several bioinformatic softwares applied in the prediction of signal peptides and there are several experimental methods to trap signal peptides and identify secreted and transmembrane proteins. YST abbreviated form of yeast secretion trap is one of experimental methods based on pYST vectors and a host Saccharomyces cerevisiae strain 066-2. The host yeast is mutant and lacks invertase. The three pYST expression vectors encoding a mutant invertase in one of three frames and lacking the start codon and signal sequence. In this work we intended to set up YST system and for this purpose we examined two electronically predicted signal sequences in the amino terminal of cyclophilin c (ppic) and tRNA methyl transferase (Trmt1) human proteins. In addition we used putative signal sequence of pi16 as positive control and putative mitochondrial signal sequence of Tfam as the negative control to confirm functionality of the system. these sequences were amplified by PCR and then cloned to in frame in pYST expression vectors. Subsequently, The host yeast strain 066-2 recombinant were transformed with recombinant vectors and cultured on the selective agar media. The results of expriments confirmed the functionally of the system. Neither trmt1 nor ppic amino terminal predicted signal sequence did not function as signal sequence in this system.