بررسي ساختار و لايه بندي جمعيت گاوميش هاي اكوتيپ آذري و شمالي با نشانگرهاي متراكم چند شكل تك نوكليوتيدي با استفاده از روش هاي Admixture، GC، PCA و MDS

Study of population structure and stratification two ecotypes buffalo with dense single nucleotide polymorphism markers using Admixture, MDS, PCA and GC methods

در كاربردهاي ژنتيك جمعيت، اختصاص افراد به جمعيت هاي مربوط به خود اهميت دارد. با توسعه تكنولوژي تعيين ژنوتيپ در مقياس وسيع بسياري از نشانگرها از جمله اسنيپ ها براي اين مطالعات قابل دسترس شده اند كه اين اسنيپ ها در مطالعه تنوع ژنتيكي دام هاي اهلي و ساختار جمعيت سودمند هستند. هدف اين تحقيق بررسي ساختار و لايه بندي گاوميش هاي مناطق مختلف دو اكوتيپ آذري و شمالي با استفاده از داده هاي SNPChip 90 با روش هاي معمول بررسي ساختار جمعيت بود كه براي اين منظور تعداد 258 گاوميش از استان هاي آذربايجان شرقي، آذربايجان غربي و اردبيل مربوط به اكوتيپ آذري و از استان گيلان مربوط به اكوتيپ شمالي نمونه گيري و تعيين ژنوتيپ شدند. نتايج حاصل از كنترل ژنوميك لايه بندي ضعيفي با =1.056? نشان داد كه حاكي از وجود اختلاط (ساختار ضعيفي) در بين دو اكوتيپ است. پلات هاي حاصل از تجزيه مولفه هاي اصلي و مقياس بندي چند بعدي، تفكيك اين دو اكوتيپ و استان هاي مختلف دو اكوتيپ را براساس فواصل انجام داد. روش Admixture نيز نزديكي فاصله ژنتيكي افراد استان هاي مختلف دو اكوتيپ را نشان داد كه البته افراد خالصي هم در اين بين وجود داشتند و k=3 خطاي اعتبارسنجي پاييني داشت. اين روش ها قادر به جداسازي كلي حيوانات به توده هاي مربوطه بودند و نتايج اين تحقيق گوياي ارتباط ژنتيكي نزديك افراد چهار استان مختلف از دو اكوتيپ آذري و شمالي بود

In applications of population genetics, classification of individuals in a sample into populations is important. With the development of high throughput genotyping technologies many markers such as SNPs are available which useful in the study of genetic diversity and structure population. The purpose of this research was to study of population structure and stratification buffaloes from different areas of the two ecotypes (Azari and North) using data SNPChip 90K. A total of 258 buffalo from Ardabil, West Azarbaijan, East Azarbaijan and Guilan provinces were sampled and genotyped. The result showed weak population stratification with ? =1.056 for GC method. Also the plots obtained from PCA and MDS showed separation of different provinces based on genetic distance and these animals have closed genetic relationship. Admixture method represents same results and admixture between individual from different provinces of two ecotypes and k=3 have low error cross validation. These methods are generally able to separate the animals. The results showed the close genetic relationship between two ecotypes from 4 different provinces.