مدل سازي نرم افزاري پروتئين تنش گرمايي70 (HSP70) طيور

پروتئين هاي تنش گرمايي (HSP) فراوان ترين پروتئين هاي داخل سلولي هستند. سنتز آن ها به سرعت توسط عوامل تنش زاي مختلف از جمله درجه حرارت، محروميت از گلوكز و عفونت ها افزايش مي يابد. اين پروتئين ها نقش مهمي در زنده ماني سلول ها تحت شرايط تنش و پايداري شرايط داخلي سلول (هوموستازي) بازي مي كنند. از آن جا كه ساختار كريستالوگرافي اين پروتئين در طيوركه خسارات زيادي از تنش گرمايي مي بينند، گزارش نشده است، مدل سازي ساختار HSP70 در طيور مي تواند زمينه تشخيص مكانيسم عمل اين پروتئين در مقابل تنش هاي محيطي را فراهم نموده و هزينه هاي مربوط به تنش هاي محيطي را كاهش دهد. به همين منظور در تحقيق حاضر مدل سازي ساختار سه بعدي پروتئين HSP70 در طيور گونه Gallus gallus براي شناسايي دمين هاي ساختاري و جايگاه هاي ويژه آن انجام گرفته است. مدل سازي سه بعدي به روش همولوژي مدلينگ و با استفاده از الگوي مناسب با ميزان شباهت بالا كه از پايگاه داده PBD تهيه شده بود (HSP70Homo sapiens و Bovine HSC70) و به كمك پايگاه هاي اطلاعاتي I-TASSER و Swiss Model انجام شد. به منظور ارزيابي و مطالعه ساختاري مدل ساخته شده از نرم افزارSPDBV استفاده شد. همچنين نمودارهاي راماچاندران نيز مورد مطالعه و بررسي قرار گرفتند. ارزيابي كيفيت ساختاري اين مدل ها براساس پارامترهاي C-score، TM-score و RMSD انجام شد كه نشان داد مدل پيشنهادي براي HSP70 طيور داراي كيفيت و پايداري مناسبي مي باشد. در مجموع مدل سازي HSP70 طيور اولين مرحله در شناسايي ساختار پروتئيني اين چاپرون مي باشد كه با توجه به شباهت بالاي توالي اسيد آمينه اي اين چاپرون با چاپرون هاي تعيين ساختار شده مي توان در آناليزها و طراحي هاي بعدي از اين مدل ها با ضريب اطمينان بالا استفاده نمود.