ژنوتايپينگ جدايه هاي سودوموناس آيروژينوساي جدا شده از عفونت هاي بيمارستاني

Genotyping of Pseudomonas aeroginusa isolated from hospital infections

سابقه و هدف: سودوموناس آيروژينوسا يك پاتوژن فرصت طلب شايع بيمارستاني است كه مسيول طيف وسيعي از عفونت‌هاي انساني مي‌باشد. مطالعه حاضر با هدف دسته بندي ژنتيكي جدايه هاي سودوموناس آيروژينوسا جدا شده از عفونت هاي بيمارستاني انجام شد. مواد و روش ها: اين مطالعه مقطعي توصيفي بر روي 18 جدايه سودوموناس آيروژينوسا جداسازي شده از بيماران بستري در بيمارستان هاي سطح شهرستان شهركرد انجام گرفت. به منظور ژنوتايپينگ آن ها از سه روش RAPD-PCR، ERIC-PCR و Rep-PCR استفاده گرديد. يافته ها: در آزمون RAPD-PCR، 86 باند مختلف DNA از حدوداً 300 تا 10000 جفت باز در جدايه هاي مورد بررسي ايجاد شد. از اين ميان تعداد 74 باند از آن ها پلي مورفيك بود. در آناليز جدايه هاي سودوموناس آيروژينوسا با روش ERIC-PCR تعداد 98 باند مختلف با حدود 150 تا 8000 جفت باز مشاهده شد كه الگوي باندينگ 14 جدايه از 18 جدايه مورد بررسي پلي مورفيك بود. در آزمايش Rep-PCR، 16پروفايل ژنومي حاصل گرديد كه در مجموع شباهتي بين حدود 30 تا 86 درصد بين جدايه ها مشاهده شد و تعدادي از نمونه ها داراي شباهت 100 درصد بودند. نتيجه گيري: به طور كلي تمام جدايه هاي مورد بررسي داراي الگوي باندي پلي مورفيك بودند. هيچ باند مونوفورميكي در جدايه ها مشاهده نشد. وجود الگوي باندي پلي مورفيك در استفاده از تكنيك هاي مورد بررسي نشان مي دهد كه سرعت بالايي از پلي مورفيسم در ژنوم سودوموناس آيروژينوسا وجود دارد و روش هاي مورد استفاده در اين مطالعه هر كدام ابزارهايي قدرتمند در دسته بندي سودوموناس آيروژينوسامي باشند.

Background & Objectives: Pseudomonas aeruginosa is a common opportunist pathogen in hospitals and the etiologic agent of the majority of infections in human beings. This study aimed to genotyping of P. aeruginosa isolated from hospital infections. Materials & Methods: This cross-sectional study was performed on 18 isolates of P. aeruginosa isolated from hospitalized patients in Shahrekord hospitals. We applied three different methods, RAPD-PCR, Rep-PCR and ERIC-PCR for genotyping of the isolates. Results: Based on RAPD-PCR method, overall 86 different bands of DNA with a range of 300 to 1000 bps were obtained from the under study isolates and among them, 74 bands were polymorphic. Analysis of P. aeruginosa isolates based on ERIC-PCR produced 98 bands with a range of 150-8000 bps. Overall 16 genomic profile with 30 to 86% and for a few strains, 100% similarities were produced based on Rep-PCR. Conclusion: Overall, all isolates showed polymorphic band patterns and no monochromic band was observed for the isolates. The presence of polymorphic band patterns in these techniques shows high rates of polymorphism in the genome of P. aeruginosa. Furthermore, the techniques used in this study are reliable approaches for genotyping of P. aeruginosa.