باركد گذاري DNA برخي از گياهان دارويي

باركدگذاري DNA روشي ساده براي شناسايي گونه ها با استفاده از يك توالي كوتاه ژنتيكي از يك بخش استاندارد ژنوم است. اين روش به منظور شناسايي هشت گياه دارويي جمع آوري شده از استان اردبيل مورد استفاده واقع شد. استخراج DNA به روش تغيير يافته CTAB انجام گرفت و PCR با آغازگرهاي طراحي شده بر اساس باركدهاي كلروپلاستي rbcL، trnH-psbA، matK و باركد هسته اي ITS انجام شد. سپس محصولات PCR خالص سازي و تعيين توالي گرديد. درصد موفقيت تكثير و توالي يابي در نمونه ها به ترتيب 87 و 62، 75 و 37، 62 و 12، 75 و 37 به دست آمد. توالي ها با نمونه هاي موجود در پايگاه داده NCBI همرديف شده و تحت تجزيه بيوانفورماتيكي قرار گرفتند. در درخت خويشاوندي گونه هاي هم جنس بر اساس توالي هاي باركد هاي rbcL و trnH-psbA از ديگر جنس ها تفكيك شدند. همچنين، در باركد ITS فقط شيرين بيان با گياهان هم جنس خود قرار گرفت. در اين مطالعه، گياه سوسن چلچراغ براي اولين بار با باركد rbcL باركدگذاري شد. SNP باركدهاي rbcL (كم تر از 30)، trnH-psbA (كم تر از 100)، ITS (بيشتر از 200) و matK (كمتر از 20) شمارش شد. بنابراين، باركد rbcL به دليل قدرت تفكيك بالا، تعداد SNP پايين و جامعيت در اكثر گونه ها، به عنوان بهترين باركد معرفي شد. باوجوداين، باركدهاي ITS و trnH-psbA به دليل مشكل مرتبط با توالي يابي مستقيم محصولات PCR و عدم دسترسي به توالي هاي با كيفيت، به عنوان باركدهاي مكمل شناسايي شدند. باركد matK به دليل قدرت تكثير و توالي يابي پايين براي نمونه هاي مورد بررسي توصيه نمي شود.