اشباع نقشه ژنتيكي جو با استفاده از نشانگرهاي رتروترنسپوزوني و جمعيت دابل هاپلوييدي حاصل از تلاقي Clipper×Sahara

Saturation of barley genetic map using retrotransposon-based markers and doubled haploid population derived from a cross of Clipper×Sahara

نقشه هاي ژنتيكي با تراكم و پوشش بالاي ژنومي نقش بسزايي در تحقيقات پايه اي و كاربردي ژنتيك ايفا مي كنند. در دهه هاي اخير با پيدايش نشانگرهاي DNA تحول عظيمي در تهيه و اشباع نقشه هاي ژنتيكي در گياهان مختلف فراهم شده است. در اين تحقيق از نشانگرهاي رتروترنسپوزوني IRAP و REMAP و نشانگرهاي ISSR جهت اشباع نقشه ژنتيكي جو در 149 فرد هاپلوييد مضاعف حاصل از تلاقي دو والد Clipper و Sahara استفاده شد. از چهارچوب نقشه ژنتيكي اين جمعيت به عنوان نقشه پايه در تجزيه و تحليل هاي بعدي استفاده شد. از 120 آغازگر به كار رفته، 6 آغازگر IRAP، 7 آغازگر REMAP و 3 آغازگر ISSR بين والدين چندشكلي نشان دادند كه از اين ميان 11 باند چندشكل براي نشانگر IRAP، 8 باند چندشكل براي نشانگر REMAP و 4 باند چندشكل براي نشانگر ISSR بدست آمد. دركل 18 نشانگر چندشكل در جمعيت تفرق نشان دادند كه از اين تعداد 12 نشانگر به هفت گروه لينكاژي جو منتسب شدند. دو نشانگر از نسبت مندلي 1:1 انحراف نشان دادند. بيشترين تعداد نشانگرها به گروه لينكاژي دوم منتسب شدند. نشانگرهاي رتروترنسپوزوني در اين مطالعه به خوبي توانستند بخشي از نواحي خالي گروه هاي لينكاژي 1، 3، 5 و 6 را در نقشه ژنتيكي جو پر كنند. نتايج تحقيق نشان داد كه نشانگرهاي رتروترنسپوزوني مي تواند بطور موثري جهت اشباع نقشه ژنتيكي جو مورد استفاده قرارگيرند

Genetic maps with high density and wide genome coverage play significant role in basic and applied genetic researches. In recent decades, with the advent of DNA markers, the huge development has been created in genetic map preparation and saturation in various plant species. In this study, IRAP, REMAP and ISSR markers were applied to saturate the genetic map of barley in a population with 149 double haploid individuals derived from a cross of Clipper and Sahara. The basic genetic map of this population was used as a frame for further analysis. In general, among the 120 primers used, 6 IRAP, 7 REMAP and 3 ISSR primers showed polymorphism between parents which generated 11 IRAP, 7 REMAP and 4 ISSR markers. Eighteen markers segregated in population, out of which 12 markers assigned to 7 barley linkage groups. Two markers deviated from the ratio of 1:1. The maximum number of markers was assigned to linkage group 2. In the current investigation, retrotransposon-based markers were able to saturate the gaps of barley genetic map on linkage groups 1, 3, 5 and 6. The results showed that retrotransposon markers can be effectively used for saturation of barley genetic maps.