بررسي تنوع ساختاري ژنگان سگ و گرگ بومي ايران با روش توالي‌يابي كل ژنوم

در اين پژوهش، از سه قلاده سگ و سه قلاده گرگ بومي ايران نمونه گيري شد. توالي يابي كل ژنگان (ژنوم) براي هر نمونه سگ و گرگ با استفاده از روش توالي يابي نسل جديد انجام شد. داده ها توسط برنامه BWA با ژنگان مرجع (رفرنس) همرديف شدند. چندريختي هاي تك نوكلئوتيدي و حذف و اضافه هاي كوچك ژنگان با برنامه GATK شناسايي شد­ند. تغييرپذيري (واريانت) هاي ساختاري با برنامه BreakDancer-1.1تعيين شدند. مستندسازي چندريختي هاي تك نوكلئوتيدي و حذف و اضافه هاي كوچك ژنگان با برنامهSnpEff انجام شد. مقادير تنوع نوكلئوتيدي در نمونه هاي سگ و گرگ با VCFtools محاسبه شد­ند. در اين پژوهش 12459651 چندريختي تك نوكلئوتيدي به دست آمد كه 7819789 و 10454994 به ترتيب مربوط به نمونه هاي سگ و گرگ بودند. از شمار كل چندريختي هاي تك نوكلئوتيدي 57/53، 989/31 و 811/0 درصد به ترتيب در ناحيه بين ژني، اينترون و اگزون قرار گرفتند. نتايج تجزيه وتحليل داده ها نشان داد كه تنوع ساختاري در ژنگان گرگ بيشتر از سگ است.