بررسي ميزان تنوع توالي‌هاي تكرارشونده درسويه هاي اشريشيا كلي جداشده از منابع آب استان البرز

The study of the diversity of repeated sequences in E. coli strains isolated from Alborz province’s water sources

زمينه و اهداف: اشريشيا كلي (E. coli) باسيل گرم منفي از خانواده انتروباكترياسه است. باكتري E. coli به عنوان شاخص آلودگي آب شهري به فاضلاب استفاده مي شود. توالي هاي تكرارشونده، تكرارهايي از خود ژن ها يا قسمت هايي از آن ها است كه تكرار شده اند. تكرارهاي پشت سرهم ممكن ازنظر تعداد تكرارها در يك موجود نسبت به ساير جمعيت هاي آن موجود متفاوت باشند، كه در اصطلاح به آن ها، تكرارهاي پشت سرهم با تعداد متغيير مي گويند. هدف از اين مطالعه بررسي ميزان تنوع توالي هاي تكرارشونده مربوط به دو لوكوس مهم يعني ms06 و ms23 در E.coli هاي جداشده از منابع آب استان البرز است. مواد و روش كار: تعداد 72 ايزوله جداشده E. coli كه از مهرماه سال 91 تا مهرماه سال 92، از منابع آب استان البرز جمع آوري شده بودند موردبررسي قرار گرفت و از آزمون هاي بيوشيميايي و استاندارد جهت شناسايي و جداسازي باكتري E. coli استفاده شد و پس ازآن استخراج ژنوم به وسيله روش جوشاندن صورت گرفت. بررسي ميزان تنوع توالي هاي تكرارشونده مربوط به دو لوكوس ms06 و ms23 در E.coli با استفاده از روش واكنش زنجيره اي پليمراز انجام گرفت. يافته ها: نتايج حاصل از انجام الكتروفورز در 2 لوكوس ms06 و ms23 نشان داد كه لوكوس ms06 داراي 5 نوع الل متفاوت (1 تكرار، 2 تكرار، 3 تكرار،4 تكرار، 5 تكرار) و لوكوس ms23 داراي 4 نوع الل متفاوت (1 تكرار، 2 تكرار،5/2 تكرار) مي باشد و نيز لوكوس ms23، داراي الل null مي باشد. نتيجه گيري: مطالعه حاضر براي اولين بار بر روي E. coli هاي جداشده از منابع آب استان البرز انجام شده است. ميزان تنوع توالي هاي تكرارشونده در سويه هاي موردبررسي زياد بود.

Background and Aim: E.coli is a gramnegative bacillus from the family of Enterobacteriaceae. E. coli bacteria is used as a water indicator of urban sewage pollution. The repeating sequences, are replications of the genes or parts of them that are repeated. Tandem repeats may be available for the number of iterations in a different creature than other populations, which are called as consequent replications with variable numbers. The purpose of this study was to evaluate the diversity of repeated sequences of ms06 and ms23 loci in E. coli strains isolated from water resources in Alborz province. Materials and Methods: A total of 72 E.coli isolates which obtained from water sources in Alborz, Iran, from September 2012 to October in 2013, were analyzed, then standard and biochemical tests were used to identify and isolate E. coli bacteria, after that, DNA extraction was performed by boiling method. The diversity of repeated sequences of ms06 and ms23 loci in E. coli was conducted using polymerase chain reaction. Results: The current study showed that the locus ms06 had five different alleles (1 repeat, 2 repeat, 3 repeat, 4 repeat, 5 repeat) and locus ms23 showed four alleles (1 repeat, 2 repeat, 2.5 repeat). It is also founded that ms23 loci contain a null allele. Conclusions: This is the first study on the diversity of repeated sequences in E.coli strains isolated from water resources in Alborz. In this study, the variation of repeated sequences was high.