روش Multiplex PCR براي شناسايي سريع و حساس سودوموناس آئروژينوزا

Multiplex PCR assay for rapid and sensitive identification of Pseudomonas aeruginosa subtypes

سودوموناس آئروژينوزا (Pseudomonas aeruginosa) از مهم ترين عوامل مرگ و مير ناشي از عفونت هاي بيمارستاني مي باشد. با توجه به تنوع ژنتيكي بالاي باكتري سودوموناس آئروژينوزا روش هاي واكنش زنجيره اي پليمراز متكي بر استفاده از يك ژن روش قابل اعتمادي در شناسايي اين باكتري نمي باشد. هدف ازاين مطالعه بررسي كارآيي Multiplex-PCR در شناسايي سودوموناس آئروژينوزا است. بهينه سازي Multiplex PCR و بررسي اختصاصيت و حساسيت آن با استفاده از سه ژن اختصاصي سودوموناس آئروژينوزا (oprL، oprI و rDNA 16s) صورت پذيرفت. محصولات 256،172 و 956 جفت بازي توسط آغازگرها تكثير شد. اين روش داراي حساسيتي در حد 80 نسخه از ژنوم هدف بوده و با DNA ميكروارگانيسم هاي ديگر، امپليكون ناخواسته اي مشاهده نشد. نتايج حاصله از اين مطالعه مشخص مي كند كه اين روش مولكولي در مقايسه با روش هاي RCR كه در آن ها از يك ژن در تشخيص آلودگي سودوموناس آئروژينوزا استفاده مي شود از حساسيت و اختصاصيت بالايي برخوردار مي باشد. در مقايسه با آزمون بيوشيميايي، روشMultiplexPCR سريع تر بوده و هم چنين به دليل استفاده از سه ژن يك روش قابل اعتماد را براي شناسايي سودوموناس آئروژينوزا فراهم مي كند.

Pseudomonas aeruginosa is one of the most important reasons of morbidity and mortality due to infections in hospitals. The biochemical methods to detect Pseudomonas aeruginosa are time consuming, therefore, the objective of this study was to evaluate the ability of Multiplex-PCR method in the detection of Pseudomonas aeruginosa. Multiplex PCR optimizing and evaluation of its specificity and sensitivity was performed using three specific genes of Pseudomonas aeruginosa (oprL, oprI, and 16s rDNA). PCR products 256,172 and 956 bp were amplified by primers. To make sure the amplified fragment are specific products of related genes , negative control with no DNA samples were included which didn’t show any amplification. This method has a sensitivity of 80 copies of target DNA and using the DNA samples of other organisms, undesired applicant was not observed. Multiplex PCR is a faster method than biochemical tests and also due to the use of three genes provides a reliable method to identify Pseudomonas aeruginosa.