طبقه بندي مولكولي و تجزيه و تحليل شجره اي ژنوتايپ هاي LPS1-8 جدايه هاي پاستورلا مولتوسيداي طيوري در ايران با استفاده از روشLPS- PCR typing

Molecular typing and phylogenic analysis of the LPS1-8 genotypes of Pasteurella multocida isolates from poultry by LPS- PCR typing method

پاستورلا مولتوسيدا يك پاتوژن گرم منفي و مهم در دامپزشكي مي باشدكه براساس آنتي ژن پلي ساكاريدي به 16 سروتايپ با استفاده از روش ژل ديفيوژن تقسيم مي شود. در اين مطالعه روشLPS PCR typing براي تايپينگ مولكولي وآناليز فيلوژنيك ژنوتايپ هاي 8 - LPS1 جدايه هاي پاستورلا مولتوسيدا از طيور ايران به كار گرفته شد. در اين مطالعه 30 جدايه طيوري پاستورلا مولتوسيدا در محيط كشت اختصاصي (BHI) كشت داده شده و DNA ژنومي آن ها به روش جوشاندن استخراج گرديد. شناسايي به روش بيوشيميايي و مولكولي انجام گرديد. ژنوتايپينگ ليپوپلي ساكاريدي به روش LPS-PCR و با استفاده از پرايمرهاي اختصاصي انجام شد. محصولات PCR از هر يك از ژنوتايپ ها تعيين سكانس شده و ارتباط آن ها با توالي هاي موجود در Gen bank مقايسه گرديد. تمام ايزوله هاي مورد بررسي با روش LPS -PCR قابل تيپ بندي بودند. از بين جدايه ها، 18جدايه داراي ژنوتيپ (L1 (60% و4جدايه داراي ژنوتيپ( 3/33% )L2 و 5 جدايه داراي ژنوتيپ L3 (66/16 درصد) و2جدايه داراي هرسه ژنوتيپ L1،L2،L3 (66/6 درصد) و 1جدايه داراي دو ژنوتيپ L2،L3 (33/3 درصد) بودند. هيچكدام ايزوله اي با ژنوتيپ هاي ديگر شناسايي نشدند ژنوتيپ هاي L4-L8 در بين جدايه هاي مطالعه شده شناسايي نشدند. در مقايسه نتايج توالي نوكلئوتيدي جدايه هاي بومي ايران با جدايه هاي موجود در Genbank اختلافات قابل توجه وجود داشت.روش LPS PCR typing نشان داد كه سه ژنوتيپ L1، L2 و L3 پاستورلا مولتوسيدا در جدايه هاي بومي ايران حضور دارند. اين تحقيق نشان داد كه روش LPS- PCR يك سيستم تايپينگ مناسب براي افتراق بين جدايه هاي پاستورلا مولتوسيدا مي باشد.

Pasteurella multocida is a gram-negative bacteria of veterinary importance which has divided into 16 somatic or lipopolysaccharide (LPS) serovars using an agar gel diffusion precipitation test. In this study LPS PCR typing method was used for molecular typing and phylogenic analysis of the LPS1-8 genotypes of P. multocida isolates from poultry in Iran.In this study 30 isolates P. multocida were cultured on BHI medium, genomic DNA was extracted by boiling method, strains were identified by biochemical and molecular methods. LPS genotyping were typed using the LPS -PCR and Specific Primers, products were sequenced and compared with the GenBank sequences. All of the isolates were typed using the LPS PCR typing . 60% of isolates contained LPS1, 13.4% LPS2, 16.6% LPS3, 6/66% L1, L2, L3, 3/33% L2, L3. None of the other genotypes (L4-L8) were detected among the isolates. There were found considerable differences of nucleotide LPS genes of Iranian isolates and the related sequences in the GenBank. LPS- PCR typing showed that three LPS genotypes of L1, L2 and L3 were present among Iranian P. multocida isolates. This study showed that LPS- PCR typing was a suitable typing method for differentiating among avian P. multocida isolates based on LPS genotypes.