بررسي ويژگيهاي مولكولي يك جدايۀ ويروس واي سيب زميني جداشده از محصول گوجه فرنگي از شهرستان يزد بر پايۀ توالي قسمت هايي از ژنوم

Molecular characterization of a Potato virus Y isolate from tomato crop in Yazd (Iran) based on sequencing of partial genome

گوجه فرنگي ( .Lycopersicum esculentum Mill) يكي از محصولات مهم در ايران و بسياري از كشورها است. بر پايه يك بررسي انجام شده در سال 1392 ويروس واي سيب زميني به عنوان ويروس غالب آلوده كننده گوجه فرنگي در شهرستان يزد معرفي شده بود. در اين پژوهش قسمت هايي از ژنوم يك جدايه انتخابي از اين ويروس با نام جداية T5 افزونش و توالي يابي شد. پس از استخراج RNA كل از نمونه T5، با استفاده از آزمون RT-PCR نواحي مختلف NID ،CP و P1 به كمك جفت آغاز گرهاي M4T/Sprimer CPf/CPr و Pl/P2 افزونش و به ترتيب سه قطعه به طول 824، 1700 و 837 جفت بازي توالي يابي شد. نتايج به دست آمده از بررسي و مقايسه توالي آمينواسيدي و نوكلئوتيدي نواحي CP ,P1 و NIb با ديگر توالي هاي موجود در بانك زن، نشان داد كه جدايه T5 متعلق به سوية NTN است.

Tomato (Lycopersicum esculentum Mill.) is one of the most important crops in Iran and throughout the world. In the previous survey conducted in 2013, PVY was introduced as the dominant virus in Yazd (Iran). In the present study, the partial genome sequence of a selected isolate called T5 was determined and analyzed. Following total RNA extraction of the T5 isolates, three fragments with 824, 1700 and 837 bp lengths were amplified using CPr/CPf, M4T/Sprimer and P1/P2 primer pairs respectively in RT-PCR. According to the nucleotide and amino acid sequences comparison of the CP, NIb and P1 regions of the isolate with the other PVY isolates in the Genebank, T5 is a member of NTN strain.