Phylogenetic analysis of four Iranian Cucurbit yellow stunting disorder virus isolates based on 3יי terminal region of RNA1

آناليز فيلوژنتيكي چهار جدايه هاي ايراني ويروس كوتولگي زرد كدوييان بر اساس انتهاي 3 آر. ان. اي شماره 1

به منظور آناليز فيلوژنتيكي جدايه هاي ايراني ويروس كوتولگي زرد كدوييان (Cucurbit yellow stunting disorder virus, CYSDV) ناحيه انتهاي ?3 RNA1 (به طول 560 نوكليوتيد) از چهار جدايه ويروس كوتولگي زرد كدوييان جمع آوري شده از استان هاي بوشهر، كرمان (جيرفت)، خوزستان(دزفول) و تهران با واكنش زنجيره اي پلي مراز و با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي تكثير شد. ترادف نوكليوتيدي ناحيه مذكورتعيين و با توالي‌هاي موجود در Gen Bank مقايسه شد. نتايج نشان دهنده تشابه ترادف نوكليوتيدي بالا (98-99%) بين جدايه‌هاي CYSDV بود و تشابه ترادف بين جدايه هاي ايراني 99 درصد بود. درخت فيلوژنتيكي ترسيم شده به روش نزديك‌ترين همسايه با استفاده از ترادف نوكليوتيدي ناحيه تكثير شده نشان داد كه تمامي جدايه هاي CYSDV در يك گروه قرار گرفته و جدايه هاي بوشهر، خوزستان و تهران در زير گروه مجزا نسبت به ساير جدايه هاي مورد بررسي قرار گرفتند.

To study phylogenetic analysis of some Iranian isolates of cucurbit yellow stunting disorder virus (CYSDV), 3ʹ terminal region of RNA1 (560 bp in length) of four CYSDV isolates, originated from four different locations of Iran including Boushehr, Kerman (Jiroft), Khuzestan (Dezfool) and Tehran provinces was amplified by RT-PCR using specific pair primers. The 3ʹ terminal region of RNA 1 of four CYSDV was sequenced and compared with other available sequences in GenBank. Nucleotide sequences analysis of CYSDV isolates showed a high nucleotide sequence identity (98- 99%) among all isolates and nucleotide sequences identity among Iranian CYSDV isolates was 99%. Phylogenetic tree constructed by neighbor-joining method using the nucleotide sequence of amplified region indicated that all CYSDV isolates were placed in one group however three of four Iranian isolates including Boushehr, Khuzestan and Tehran were clustered into a distinct subgroup with respect to other isolates.