ارزيابي تنوع ژنتيكي ژنوتيپ هاي خلر با استفاده از نشانگرهاي نيمه تصادفي ISJ

Assessment of genetic diversity among Lathyrus sativus L. genotypes, using semi-random intron-exon splice junction marker

خلر (Lathyrus sativus L.)، يكي از مهم‌ترين گياهان زراعي و علوفه اي دنياست كه به علت پروتيين و لايسين بالا گياهي شناخته ‌شده است. به‌منظور ارزيابي تنوع ژنتيكي 33 ژنوتيپ خلر، از 20 نشانگر نيمه تصادفي اينترون-اگزوني يا ISJ استفاده شد. استخراج DNA با روش CTAB صورت گرفت. اطلاعات حاصل از آغازگرهاي ISJ مورد تجزيه ‌و تحليل قرار گرفت و از مجموع باند ها، 77 % باندها مربوط به آغازگرهاي ET و 81 % مربوط به آغازگرهاي IT چند شكل بودند. نتايج نشان داد كه متوسط تعداد باند چند شكل به ازاي هر آغازگر 95/3 عدد بود و بيشترين ميزان اطلاعات چند شكلي و شاخص نشانگر را مربوط به آغازگر ET18-6 بود. بر اساس محاسبه ضريب تشابه جاكارد، محدوده تشابه ژنوتيپ-ها از 42/0 تا 89/0 متغير بود. تجزيه گروه‌بندي بر اساس روش UPGMA صورت گرفت و براساس دندروگرام بدست آمده و در ضريب تشابه 70/0، ژنوتيپ ها به پنج گروه اصلي تقسيم شدند. نتايج تجزيه به مختصات اصلي نشان داد كه سه مولفه اول در مجموع 65/74 درصد از كل واريانس را توجيه نمودند كه بيانگر پراكنش محدود اين نشانگرها در سطح ژنوم اين گياه مي باشد. اين تحقيق اولين گزارش از كاربرد نشانگر ISJ در گياه علوفه اي مهم خلر در دنيا مي‌باشد كه اميد مي‌رود در توسعه اصلاح ملكولي اين گياه موثر واقع گردد.

Grass pea (Lathyrus sativus L.), as one of the most important forage crop plants, has high content of protein and Laysin. In order to assess the genetic diversity of 33 genotypes of grass pea, 20 semi-random primers were used in the present study. DNA was extracted by CTAB method. The ISJ data were analyzed and 77% of IT bands and 81% of ET bands were polymorphic. The results showed that the average number of polymorphic bands per primer was 3.95 and the highest amount of polymorphic information content and marker index was belonged to ET18-6 primer. According to the Jaccardʹs similarity coefficient, the range of similarity among studied genotypes was varied from 0.42 to 0.89. Cluster analysis based on UPGMA method divided genotypes to 5 groups at cut of line in 0.71 similarity coefficient. The principle coordinates analysis showed that the first three components explained 74.65% of total variance indicating the restricted distribution of these ISJ markers at the grass pea genome. Present study is the first report on application of ISJ markers in grass pea, as important forage plant, which is hoped to be effective in the development of molecular breeding programs of this plant.