ارزيابي تنوع ژنتيكي و گروه بندي اكوتيپ هاي مختلف هندوانۀ با استفاده از نشانگرهاي مولكولي SRAP

Evaluation of genetic diversity and classification of watermelon (Citrullus lanatus) ecotypes using SRAP molecular markers

تعداد 38 توده و رقم مهم هندوانه از مناطق مختلف كشور جمع آوري و پس از آماده سازي خاك، در مزرعه تحقيقاتي در قالب طرح بلوك هاي كامل تصادفي با سه تكرار كشت شد. به منظور بررسي تنوع ژنتيكي، DNA از برگ استخراج و واكنش زنجيره اي پليمراز با استفاده از 14 جفت آغازگر SRAP بهينه شد. تعداد 136 باند چندشكل به دست آمد، كه جفت آغازگر EM10-Me4 با تعداد نوزده باند و جفت آغازگرهايEM16-Me4 و EM16-Me4 با تعداد هفت باند به ترتيب بيشترين و كمترين تعداد باند چندشكل را ايجاد كردند. محتواي اطلاعات چندشكل (PIC) در اين تحقيق بين 0/20 تا 0/32 و ميزان تنوع ژني براساس شاخص ني از 0/17 تا 0/28 به دست آمد. تجزيه تابع تشخيص خطي فيشر نشان داد كه روش UPGMA و با انجام صحت گروه بندي در حدود 90 درصد، مناسب تر از ديگر روش هاي تجزيه خوشه اي است. تجزيه خوشه اي براساس روش جاكارد توده هاي تحت مطالعه را در پنج گروه مجزا قرار داد. تجزيه به مختصات اصلي نشان مي دهد كه مولفه هاي اول و دوم 92/5 درصد از تنوع به دست آمده را توجيه مي كنند كه خود نشان دهنده توزيع مناسب نشانگرها در كل ژنوم است.

Thirty eight ecotypes of watermelon were collected from different parts of Iran. After the preparation of the field, these eotypes were cultivated in a completely randomized block design with three replications. In order to investigate genetic diversity, genomic DNA samples were extracted from leaves and Polymerase chain reactions were optimized using 14 SRAP primer pairs. One hundred thirty six polymorphic bands were detected, of which the EM10- Me4 was the most abundant primer pair with 19 bands and EM16-Me4 and EM16-Me14 were the least primer pairs with 7 bands. PIC index varied from 0.20 to 0.32 and genetic diversity was 0.17 to 0.28 on the basis of Nei index. Fisher's Linear Detection Analysis showed that the UPGMA method and the grouping accuracy of about 90% are more appropriate than other cluster analysis methods. Cluster analysis, using Jakard method, was performed and the ecotypes studied were classified into five distinct groups. Based on the PCA, the first and second components included 92.5% of the variation, which represents the proper distribution of the markers on the whole genome.