رديابي و بررسي روابط تبارزايي جدايه‌هاي ايراني ويروس موزائيك انجير بر اساس ژن كد كننده نوكلئوكپسيد پروتئين

Detection and phylogenetic analysis of Iranian Fig mosaic emaravirus isolates on the basis of the gene encoding Nucleocapsid protein (NP)

ویروس موزائیك انجیر  Fig mosaic emaravirus (FMV)یكی از مهم‌ترین عوامل ایجاد كننده بیماری موزائیك انجیر می باشد. این تحقیق به منظور شناسایی و ردیابی FMV در مناطق مختلف كشور و همچنین مطالعه روابط تبارزایی بر مبنای ژن كد كننده پروتئین نوكلئوكپسید (NP) صورت پذیرفت. برای این منظور تعداد 54 نمونه برگ انجیر دارای علایم موزائیكی و كلروز از مناطق مختلف كشت انجیر در شمال، مركز و جنوب ایران جمع آوری گردید. ردیابی اولیه از طریق آزمون الیزا با استفاده از آنتی بادی اختصاصی ویروس FMV انجام گرفت. آزمون RT-PCR به منظور تائید نتایج ردیابی اولیه با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن (NP) صورت پذیرفت. همسانه سازی، تعیین توالی نوكلئوتیدی و رسم درخت تبارزایی 14 جدایه منتخب از مناطق جغرافیایی مختلف انجام گرفت. نتایج ردیابی سرولوژیكی و آزمون مولكولی حاكی از میزان 5/55٪ آلودگی در نمونه های مورد بررسی بود. نتایج مطالعات تبار زایی نشان داد كه تمامی جدایه های مربوط به مناطق شمال و مركز كشور به همراه جدایه های گزارش شده از سایر كشورها در گروه I قرار می گیرند در حالی كه جدایه های استان فارس (استهبان و جهرم) در یك گروه تبارزایی جدا، گروه II، دسته بندی شدند. نتایج حاصله حاكی از وجود ارتباط معنی داری بین شدت علایم و گروه بندی تبارزایی می باشد. جدایه جهرم،  JA2، از گروه II  با داشتن بیشترین میزان تفاوت با سایر جدایه های كشور و دنیا، بنظر می رسد كه دارای خصوصیات بیماری زایی و بیولوژیكی منحصر بفردی باشد كه تعیین این خصوصیات در مطالعات تكمیلی ضروری می باشد.

Fig mosaic emaravirus (FMV)is considered as one of the main causal agents of Fig Mosaic Disease complex (FMD). In order to detection and identification of FMV in different regions of Iran and better understanding of the phylogenetic relationships between isolates, a number of 54 symptomatic fig leaves with chlorosis and mosaic symptoms were collected from different fig-growing areas in the center, north and south of Iran. Primary detection for all collected samples performed by DAS-ELISA using polyclonal AP-conjugated antibody which was raised against nucleocapsid protein of FMV positive samples in DAS-ELISA were checked by RT-PCR using NP gene specific primers. The amplified fragments of 14 isolates were cloned and sequenced. DAS-ELISA results indicated to a 55.5%FMV infection of collected isolates. Phylogenetic analysis on the basis of nucleotide sequences categorized the isolates in two main groups in which isolates from the center and northern regions of Iran placed in  a separate subgroup beside other isolates from other countries which their complete coding sequences were available in GenBank of NCBI whereas the isolates from south of Fars province (Estahban and Jahrum districts) clustered in a separate phylogenetic group distinct from other Iranian and the world isolates which may show that genetic makeup of FMV may be affected by geographical isolation. A significant correlation between symptoms severity and phylogenetic groups observed that may put forward the probability of having a new viral strains in Fars province.