تجزيه و تحليل توالي مولكولي ژن ITS جهت شناسايي گونه‌هاي جداسازي شده جنس فوزاريم از مناطق مختلف ايران

Molecular Sequence Analysis of the ITS rRNA Region for Identification of Fusarium species

سابقه و هدف: شناسايي و تمايز جنس فوزاريم در سطح گونه، براي مقاصد اپيديميولوژي و پاتولوژيكي ضروري است. هدف از اين مطالعه بررسي روابط فيلوژنتيكي و يافتن الگو‌هاي تكراري كلاستر‌شده مشخص در ناحيه ITS به منظور شناسايي گونه‌هاي متفاوت جنس فوزاريم است. مواد و روش‌ها: 16 جدايه از گونه‌هاي متفاوت جنس فوزاريم و از نواحي مختلف ايران جمع آوري شدند. ناحيه فاصله انداز داخلي DNA ريبوزومي توسط واكنش زنجيره‌اي پلي مراز تكثير، توالي يابي و با ابزار‌هاي مختلف مورد تجزيه و تحليل قرار گرفتند. يافته ها: محصول واكنش زنجيره‌اي پلي مراز، قطعه هاي به طول به طورتقريبي 550 جفت باز در تمام جدايه‌ها بود. مقايسه توالي‌ها و فيلوگرام حاصل از تجزيه و تحليل ناحيه ITS، گونه‌هاي جنس فوزاريم را در ده گروه مختلف قرار داد. بحث: ناحيه فاصله انداز داخلي بي ثبات و تغيير پذير هستند. سطح بالاي تنوع بين ناحيه فاصله انداز داخلي ناشي از حذف يا اضافه شدن واحدهاي تكراري در ناحيه فوق است. نتيجه گيري: بعضي از جدايه‌ها به طور قطعي شناسايي ميشوند. بعضي از آنها داراي الگوي متفاوتي هستند. وجود موتيف-هاي خوشه‌شده بي‌همتا در ناحيه ITS يك گونه خاص نشان مي‌دهد كه اين موتيف‌ها مي توانند به عنوان يك ابزار شناسايي گونه مورد نظر به‌كار‌ روند.

Aim and Background: Fusarium species are capable of infecting a wide range of crop plants. They can rarely cause human infections. Identification of Fusaria to the species level is necessary for biological, epidemiological, pathological, and toxicological purposes. The aim of this study was to evaluate phylogenetic relationships and finding specified repetitive patterns clustered in the area of ITS in order to identify different species of Fusarium. Materials and Methods: Ribosomal DNA internal spacer region was amplified by polymerase chain reaction. ITS PCR product sequenced and analyzed by different methods. Results: Amplification resulted in approximately 550 bp in all the isolates. In the phylogram derived from analysis of the ITS region, the Fusarium spp. examined were divided into ten groups Discission: As expected the ITS region was variable and informative. The high level of variation between internal transcribed spacer is concluded from the elimination or addition of repeating units is in this area. Conclusion:Some strains are identified and some isolates definitely has a different pattern. There are repetitive patterns at the ITS in the particular species suggesting that this motifs can be used as a tool to identify species.