بررسي تنوع ژنتيكي ماركر rs6442530 در ناحيه ژني COLQ به عنوان يك ماركر گويا در مطالعه مولكولي بيماري نشانگان مياستني مادرزادي در جمعيت اصفهان

Analysis of Genetic Variation of rs6442530 Marker in COLQ Gene as an Informative Marker for Molecular Diagnosis of Congenital Myasthenic Syndrome in Isfahan population

سابقه و هدف: نشانگان مياستني مادرزادي (Congenital Myastenic Syndrome، CMS) يك بيماري ژنتيكي نادر با وراثت اتوزومـي مغلـوب مي باشدكه در اثر جهش در ژن COLQ ايجاد مي شود. تشخيص مولكولي اين بيماري با آناليز مستقيم جهش هاي ژني بسـيار وقت گير و پرهزينه مي باشـد. از اين رو روش پيوسـتگي با استفاده از نشانگرهاي چند شـكلي تك نوكلئوتيدي (Single nucleotide polymorphism، SNP) براي تعيين افراد ناقل و هم چنين تشـخيص پيش از تولـد در خانواده هـاي داراي فرزنـد مبتـلا روش مناسبي مـي باشد. هدف از اين مطالعه بررسي آگاهي دهندگي ماركر تك نوكلئوتيدي rs6442530 واقع در ژن COLQ مي باشد. مواد و روش ها: در اين مطالعه توصيفي- تجربي، ابتدا با بررسي بيوانفورماتيكي، نشانگر rs6442530 واقع در اينترون شماره 1 ژن COLQ براي مطالعه ژنوتايپينگ در جمعيت ايران انتخاب شد. سپس 152 فرد سالم غيرخويشاوند از جمعيت اصفهان با استفاده از تكنيك ARMS-PCR تعيين ژنوتيپ شدند. فراوانـي آللـي، درجه هتروزيگوسـيتي و وجود تعـادل هاردي وينبرگ براي ماركر مورد مطالعه با استفاده از نرم افزار Genepop تخمين زده شد. درنهايت از نرم افـزار PIC Calculator بـراي تخميـن مقدار PIC (Polymorphism Information Content) اسـتفاده شـد. يافته ها: نتايج حاصـل بيانگـر فراوانـي آلل مغلوب Minor Allele Frequency، MAF) 43/4) درصد، درجه هتروزيگوسـيتي 48/684211 درصد و مقدار PIC 0/3706 بـراي ماركـر rs6442530 در جمعيـت اصفهـان بـود. بررسي تعادل هاردي وينبرگ نيز نشان داد كه جمعيت اصفهان براي نشانگر rs6442530 در تعادل مي باشد استنتاج: در مجمـوع بـا توجه به نتايج به دسـت آمـده از مطالعه حاضر (2/0MAF> و PIC نزديك به 0/375) rs6442530 مي تواند به عنوان نشانگر مناسب جهت تشخيص مولكولي بيماري CMS در جمعيت اصفهان پيشنهاد گردد.

Background and purpose: Congenital Myasthenic Syndrome (CMS) is a rare genetic disease with autosomal recessive inheritance pattern which is caused by mutations in the COLQ gene. Molecular diagnosis of the disease using direct mutation analysis is expensive and time consuming. Alternatively, linkage analysis using Single Nucleotide Polymorphic markers (SNP) provides a suitable method in carrier detection and prenatal diagnosis of the disease in families with an affected individual. The aim of this study was to investigate the informative situation of rs6442530 marker in COLQ gene. Materials and methods: In this experimental study, using bioinformatics investigations, rs6442530 marker located in intron 1 of COLQ gene was selected for genotyping studies. For this purpose, 152 healthy individuals from Isfahan population were genotyped using ARMS PCR technique. Then the allelic frequencies, the Hardy-Weinberg equilibrium and heterozygosity of the marker were estimated using the Genepop software. Finally the amount of Polymorphism Information Content (PIC) was computed by PIC Calculator software for the marker. Results: The results indicated 43.4% Minor Allele Frequency (MAF), 48.684211% heterozygosity rate and 0.3706 PIC for rs6442530 marker in Isfahan population. Hardy Weinberg Equilibrium showed the presence of equilibrium for rs6442530 in this population. Conclusion: Together, according to the results (MAF>0.2 and PIC close to 0.375) rs6442530 marker could be suggested as an appropriate marker for molecular diagnosis of CMS in Isfahan population.