بررسي شبكه تنظيمي مؤثر در شروع شيردهي در بافت پستان گاو شيري با استفاده از داده‌هاي RNA-seq

Study gene regulatory networks involved in Lactogenesis in dairy cow mammary tissue using RNA-Seq data

در اين مطالعه به منظور درك بهتر شبكه تنظيمي درگير درشروع شير‌دهي در بافت پستان گاو شيري، در ابتدا ژن هاي با بيان بالا با استفاده از تجزيه و تحليل داده‌هاي RNA-Seq در سه حالت زير شناسايي گرديد: حالت اول) مقايسه بافت پستان گاو شيري در 35 روز قبل از زايمان با 3 روز بعد از زايمان ، حالت دوم) مقايسه بافت پستان گاو شيري در 7 روز قبل از زايمان با 3 روز بعد از زايمان، حالت سوم) مقايسه بافت پستان گاو شيري در 7 و 35 روز قبل از زايمان. به منظور بررسي گروه‌هاي كاركردي ژن-هاي معنادار با بيان بالا در سه حالت مختلف ذكر شده، از نرم-افزار DAVID استفاده شد. تنها عبارات معنادار(0/05 >P ) مربوط به مراحل بيولوژيكي در نظر گرفته شد. سپس توالي پروموتري اين ژن‌ها جهت شناسايي فاكتور‌هاي رونويسي كانديد درگير در اين مكانسيم استخراج شد. نتايج تجزيه و تحليل پروموتري با استفاده از نرم‌افزار Genomatix منجر به شناسايي 24 فاكتور رونويسي كانديد جديد احتمالي مؤثر در مراحل تنظيمي شروع شير‌دهي گرديد. افزون بر اين، براي ترسيم شبكه‌هاي ژني مرتبط با فاكتور‌هاي رونويسي شناسايي شده در شروع شير‌دهي از نرم افزار STRING استفاده شد. با توجه نتايج بدست آمده از اين پژوهش، 24 فاكتور رونويسي جديد شناسايي شدند كه داراي پتانسيل مناسبي براي بررسي بيشتر در سطح آزمايشگاهي مي باشند و مي‌توانند اطلاعات جديدي را در درك بهتر شبكه‌ي تنظيمي مؤثر در شروع شير‌دهي در بافت پستان گاو شيري فراهم كنند.

In this study to gain insights into transcriptional regulation Lactogenesis in mammary tissue, at the first high expression genes in lactogenesis in three different condition were identified by RNA-Seq data analysis. This three conditions including comparison of the dairy cow mammary tissue in 35 days before and 3 days after birth, dairy cow mammary tissue in 7 days before and 3 days after birth and dairy cow mammary tissue in 7 and 35 days before birth. To investigate the biological processes of significant high expression genes in three different condition mentioned above, the DAVID software was used. The only significant terms (p<0/05) related to biological processes were considered.