بررسي ماركر پلي مورفيك rs9384 واقع در ناحيه ژني GCDH مرتبط با بيماري گلوتاريك اسيد يورياي نوع 1

Analysis of polymorphic marker rs9384 located in the GCDH gene region associated with glutaricaciduria type 1.

زمينه و هدف: گلوتاريك اسيد يورياي نوع 1 نوعي اختلال متابوليكي عصبي مي باشد كه در اثر جهش در ژن رمز كننده آنزيم گلوتاريل كوآدهيدروژناز (GCDH) ايجاد مي شود. اصولاً تعيين توالي به منظور شناسايي جهش ‌هاي نقطه اي و ديگر تنوعات توالي موجود در اين ژن استفاده مي‌شود كه بسيار وقت ‌گير و پر هزينه مي ‌باشد. روش ديگر بررسي پيوستگي با استفاده از ماركرهاي چند شكلي مانند چند شكلي هاي تك نوكلئوتيدي (SNP) است كه براي تعيين افراد ناقل و همچنين تشخيص پيش از تولد در خانواده‌هاي داراي فرد مبتلا به كار مي ‌رود. در پايگاه‌ هاي داده تعداد زيادي از ماركرهاي SNP براي ناحيه ژني GCDH معرفي شده است. در مطالعه حاضر خصوصيات و همچنين اطلاع دهندگي ماركر rs9384 واقع در ناحيه ژني GCDH مورد بررسي قرار گرفت. روش بررسي: ماركر rs9384 در 100 فرد سالم غير خويشاوند با روش ARMS PCR با بهره گيري از پرايمرهاي جديد طراحي شده تعيين ژنوتيپ شد. در اين مطالعه تخمين فراواني آللي و درجه هتروزيگوسيتي با استفاده از پايگاه GenePop انجام شد؛ همچنين از نرم ‌افزار Power Marker براي تخمين وجود تعادل هاردي واينبرگ و ميزان محتوي اطلاع دهندگي چند شكلي (PIC) استفاده شد. يافته ها: نتايج حاصل از اين مطالعه بيانگر فراواني آللي مينور MAF) 0/34%)، درجه هتروزيگوسيتي 0/53% و مقدار 0/35=PIC براي ماركر rs9384 در جمعيت مورد مطالعه بود. به علاوه بررسي تعادل هاردي واينبرگ نشان داد كه جمعيت براي اين ماركر در تعادل مي‌ باشد. نتيجه گيري: در مجموع با توجه به نتايج به دست آمده از مطالعه حاضر مي‌ توان ماركر rs9384 را به عنوان يك ماركر تك نوكلئوتيدي مناسب جهت تشخيص مولكولي گلوتاريك اسيد يورياي نوع 1 در جمعيت اصفهان به عنوان نمونه‌ اي از جمعيت ايراني معرفي كرد.

Background and aims: Glutaricaciduria type 1 (GA1) is an inherited neurometabolic disorder caused by mutations in the GCDH gene encoding glutaryl-CoA dehydrogenase (GCDH). Direct sequencing is usually used to detect point mutations and other sequence variations in the gene, which is expensive and time-consuming. Alternatively, linkage analysis of polymorphic markers such as single nucleotide polymorphism (SNP) has been used in heterozygous carrier detection and prenatal diagnosis of the disease in families with an affected individual. A large number of SNP markers have been introduced in the GCDH gene region in the electronic databases. In the present study, the characteristics of rs 9384 as an informative marker located in GCDH gene region were investigated. Methods: Genotyping was carried out by ARMS PCR technique in 100 unrelated healthy individuals using newly designed primers. Estimation of allelic frequency and heterozygosity rate was performed using GenePop website and the presence of Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) as well as the amount of polymorphism information content (PIC) was computed by Power Marker software for the marker. Results: The results indicated 0.34% minor allele frequency (MAF), 0.53% heterozygosity rate and 0.3498% PIC for rs9384 marker in the population. Moreover, analysis of Hardy-Weinberg Equilibrium showed the presence of equilibrium for this marker in this population. Conclusion: In total, according to the results of this study, rs9384can be considered as an informative SNP marker for molecular diagnosis of GCDH related GA1 by indirect genetic analysis in the Isfahan population as a representative sample of the Iranian population.